Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000823`

染色体: Chr06 坐标: 7746933-7748974 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000823`
名称	SmilChr06G000823
描述	SPX domain-containing protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	7746933 - 7748974 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988360`
GeneID	`130988360`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988360`
原始查询	`LOC130988360`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SPX domain-containing protein 1-like
产物	SPX domain-containing protein 1-like
Arabidopsis	`AT5G20150` (SPX1) SPX domain-containing protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832137] identity=67; qcov=1; evalue=1.42e-125; confidence=high
Rice	`Os06g0603600` (OsSPX1) - identity=64; qcov=1.06; evalue=1.01e-114; confidence=high
GO	GO:0016036 (cellular response to phosphate starvation)
KEGG	-
Pfam	PF03105 (SPX)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057768168.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057768168.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057768168.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057768168.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768168.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:7747182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr6:7747199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	20	A1,A20,A3,B12,B16,B25,B35,B49,B51,B53,B6,B62,B87,B93,C20,C24,C39,C86,D1,D7
`Chr6:7747208`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B137,B29,B67,C20,C30
`Chr6:7747208`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B137,B29,B67,C20,C30
`Chr6:7747214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr6:7747260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B136,B80,B95,C50
`Chr6:7747263`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C14,C29,C72,D2
`Chr6:7747265`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B122,B36,B83,C59
`Chr6:7747281`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr6:7747322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B5,C52,C59,C71
`Chr6:7747357`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B137,B67,C2
`Chr6:7747359`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B5,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768168.1

282 aa

141

282

SPX

PF03105 SPX 1-35 aa PF03105 SPX 46-115 aa PF03105 SPX 118-167 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768168.1`	Pfam	`PF03105`	SPX	Domain	1	35	6.2e-29	102.8	SPX domain
`XP_057768168.1`	Pfam	`PF03105`	SPX	Domain	46	115	6.2e-29	102.8	SPX domain
`XP_057768168.1`	Pfam	`PF03105`	SPX	Domain	118	167	6.2e-29	102.8	SPX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912185.1
TCCCAACTCTACCCTCCGCATATTCTCTCTCCTCCTCCATTTAGTTGCGTTATATATCAGCCCTTCCCATTTCCCCCTTTTCCTATTTCCTTGTCTTCGCATAAAATATCACACCATTATACATTACCGCGCCACATATATATACTTGCATTAACATATAGCCGGAGGAATCCCACATTTTGGAAAATTCTTGATTTGTTTTCATTTTGGAAGATGAAGTTTGGCAAGAGTTTGAGCAACCAAATTGAGGAGACGTTGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988360
ATGAAGTTTGGCAAGAGTTTGAGCAACCAAATTGAGGAGACGTTGCCGGAGTGGAGGGACAAGTTTTTGTCGTACAAGGAGCTCAAGAAGCGGCTCAAGCTGATCGAGCCGAATCCGCCGGCCGGAGCAGGCGCCGGGGAGGAGAGGCCTCAGAAGAGGCGGAGGATGGAGGAGAGCGGCCGAGAGGGGGATGCCATGACGGAGGAGGAGGCGGATTTCCTCAAGCTTTTGGAGGATGAGCTCGACAAGTTTAATGCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768168.1
MKFGKSLSNQIEETLPEWRDKFLSYKELKKRLKLIEPNPPAGAGAGEERPQKRRRMEESGREGDAMTEEEADFLKLLEDELDKFNAFFVEKEEEYIIRLKELRDSVAKAKDRKDEMIKIRKEIVDFHGEMVLLENYSALNYTGLVKILKKYDKRTGALLRLPFIQNVLQQPFFMTDLLYKLVKECENMLNEMFPLPVVEAVDRDESSTSYAPDEGVIKGRKEIAQIEYMKSLHMKSTLAALRVLKEIRSGSSTVSAFSLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器