Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000838`

染色体: Chr06 坐标: 7903604-7906352 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000838`
名称	SmilChr06G000838
描述	protein BUNDLE SHEATH DEFECTIVE 2, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	7903604 - 7906352 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988374`
GeneID	`130988374`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988374`
原始查询	`LOC130988374`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein BUNDLE SHEATH DEFECTIVE 2, chloroplastic
产物	protein BUNDLE SHEATH DEFECTIVE 2%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G47650` (AT3G47650) DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823919] identity=46; qcov=1.05; evalue=7.76e-35; confidence=medium
Rice	`Os06g0332800` - identity=73.5; qcov=0.629; evalue=8.85e-40; confidence=medium
GO	GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0044183 (protein folding chaperone); GO:0061077 (GO:0061077); GO:0101031 (protein folding chaperone complex)
KEGG	-
Pfam	PF25436 (BSD2_CRD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988374

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057768175.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057768175.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.40000	`XP_057768175.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768175.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768175.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:7904940`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr6:7905344`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768175.1

132 aa

132

BSD2_CRD

PF25436 BSD2_CRD 65-132 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768175.1`	Pfam	`PF25436`	BSD2_CRD	Domain	65	132	1.9e-37	128.0	BSD2 cysteine rich domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912192.1
AATATACCTTGTTAGATAGCATTGTGAGCGTCACGCTAGAAATAAGATGAGATACTTTTGGCTGAAAATGCACATAAATATCGGGAGCAGAGGGGTAGTTTAGTAAATCAGTAAATGAGGAAATGAAATCTGCGCCTTATCTCTTCTGTGATGCCAATGCCATACATTATGCTGTAGAGTAGAGTGTGCAAGAGAAGAGACCGAAGCAACACAATATCCACACTCTTCACAAATGGCGCACTCTCTTTGTTCTTCAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988374
ATGGCGCACTCTCTTTGTTCTTCAACTCTAATGTCCTTGAACACCACTCCCAAGCCCGGACTTATTAGTGAGAGATATACGAGTGGGAGAGTGAACTGGATCACGGATGCTACTAACAGCTCCAAGAATGCTGCTTTCGAACCTTTAAAAGCTAATGCTAACGACAAACAGTCGGCCACACCCAAAGTATCTAGCATACTCTGTCACGATTGTGAGGGTAATGGTAATAAAAAATGTGGGCAATGCCTAGGCAAAGGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768175.1
MAHSLCSSTLMSLNTTPKPGLISERYTSGRVNWITDATNSSKNAAFEPLKANANDKQSATPKVSSILCHDCEGNGNKKCGQCLGKGVNSVDHFNGQYKAGASCWLCRGKREILCGSCNGAGFLGGFMSTHDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器