Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000851`

染色体: Chr06 坐标: 8064658-8065899 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000851`
名称	SmilChr06G000851
描述	endochitinase EP3-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	8064658 - 8065899 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988384`
GeneID	`130988384`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988384`
原始查询	`LOC130988384`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	endochitinase EP3-like
产物	endochitinase EP3-like
Arabidopsis	`AT3G54420` (EP3) homolog of carrot EP3-3 chitinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824608] identity=67.6; qcov=0.885; evalue=4.46e-101; confidence=high
Rice	`Os04g0493400` (Cht4(t)*(Chi4)) - identity=61.2; qcov=0.991; evalue=2.49e-101; confidence=high
GO	GO:0004568 (chitinase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0006032 (chitin catabolic process); GO:0016998 (cell wall macromolecule catabolic process)
KEGG	smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00182 (Glyco_hydro_19)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988384

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057768189.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057768189.1`
3	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057768189.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768189.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768189.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:8065024`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr6:8065025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr6:8065071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B111,B3,C83
`Chr6:8065501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr6:8065591`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	9	B117,B91,C27,C31,C56,C65,C70,C71,C80
`Chr6:8065635`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr6:8065666`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B66
`Chr6:8065666`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B66
`Chr6:8065668`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B66
`Chr6:8065668`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768189.1

234 aa

117

234

Glyco_hydro_19

PF00182 Glyco_hydro_19 41-234 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768189.1`	Pfam	`PF00182`	Glyco_hydro_19	Domain	41	234	9.5e-53	180.1	Chitinase class I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912206.1
TACAATACCACTATAAATAAAAGAATTTGGCACCAAAAATTTTAGAGACGACTAAGTCCACTCACTCTGTTGAAAAGGTCAGAAAAAAGTAAAAAAATAAATAAAAAAATCCACCAACTCATATTTTTACCATCCCAATGACACTATAAAAAGACCTCAGTCCTCTCTTTCTCCTACACCACCAACTCTCGATTCATATATCCAAGTTTAAGTTAAAATGGGTAGTTTCAACACATTACTATCATTTCTGCTAGCCGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988384
ATGGGTAGTTTCAACACATTACTATCATTTCTGCTAGCCGCAGTTCTCATAGCCGGGGCCCTTCAGACACGGGTATCCGGCAAACTCTCCGACACTGTCACAGACGTGTTCTTCAACGGGATCGCTAATCAGGCTGGGGGAGGCTGCCCGGGGAGAGGGTTCTACACACGGGCAGCATTTCTCGAGGCTGCCCGCTCCTATCCACGCTTCGGGAACGTCGGCTCCGCCGATGTTCTCAAGCGGGAAATCGCAGCCTTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768189.1
MGSFNTLLSFLLAAVLIAGALQTRVSGKLSDTVTDVFFNGIANQAGGGCPGRGFYTRAAFLEAARSYPRFGNVGSADVLKREIAAFFAHVTHETGHMCHIEEINGASKAADYCDRQNKQYPCKAGKGYYGRGPVQLSWNYNYGAAGKSIGFDGLNHPEIVARDPVVSFKTGLWFWMNECHGIITSGKGFGATIRAINGPLECDGANPSTVTARVGYYRDYCKQLGVDPGNNVRC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器