当前解析结果
SmilChr06G000865| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000865 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000865 |
| 描述 | glycerophosphocholine acyltransferase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 8171257 - 8175049 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988399 |
|---|---|
| GeneID | 130988399 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988399 |
| 原始查询 | LOC130988399 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycerophosphocholine acyltransferase 1-like |
| 产物 | glycerophosphocholine acyltransferase 1-like |
| Arabidopsis | AT5G35460 (AT5G35460)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833509] identity=78.2; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0585100- identity=76.3; qcov=0.896; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006656 (phosphatidylcholine biosynthetic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10998 (DUF2838) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988399 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057768206.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057768206.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.60000 | XP_057768206.1 |
| 4 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057768206.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768206.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:8171687 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,B76 |
Chr6:8171989 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr6:8172903 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr6:8172915 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr6:8173066 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr6:8174124 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr6:8174353 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B81 |
Chr6:8174353 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B81 |
Chr6:8174743 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C35,C64,C66,C81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768206.1PF10998
DUF2838 71-180 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768206.1 |
Pfam | PF10998 |
DUF2838 | Family | 71 | 180 | 6.3e-38 | 130.1 | Protein of unknown function (DUF2838) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。