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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000877`

染色体: Chr06 坐标: 8294575-8296185 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000877`
名称	SmilChr06G000877
描述	protein RETICULATA-RELATED 3, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	8294575 - 8296185 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988411`
GeneID	`130988411`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988411`
原始查询	`LOC130988411`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein RETICULATA-RELATED 3, chloroplastic-like
产物	protein RETICULATA-RELATED 3%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT3G08640` (AT3G08640) alphavirus core family protein (DUF3411) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820011] identity=68.6; qcov=0.749; evalue=2.15e-116; confidence=high
Rice	`Os01g0812900` - identity=67.3; qcov=0.69; evalue=1.46e-99; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF11891 (RETICULATA-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988411

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057768216.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057768216.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768216.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768216.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768216.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:8294859`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	145	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A19,A21,A22,A6,A7,A9,B1,B10,B103,B104,B105,B107,B109,B110,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B126,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B18,B19,B2,B20,B21,B23,B24,B26,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B4,B45,B46,B48,B5,B50,B52,B54,B56,B58,B59,B60,B61,B64,B66,B68,B7,B70,B72,B74,B76,B78,B79,B8,B81,B83,B84,B85,B86,B88,B89,B9,B91,B93,B96,B97,B99,C10,C11,C12,C14,C15,C19,C2,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C31,C33,C34,C35,C39,C41,C42,C44,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C56,C57,C58,C59,C6,C62,C65,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C80,C84,C85,C86,D1,D4,D5
`Chr6:8295110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,B52,B79,B8
`Chr6:8295119`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B79,C33,C37
`Chr6:8295137`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B71,B79
`Chr6:8295139`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr6:8295148`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B128,B23,B3,B47,B71,B88,C19,C62
`Chr6:8295208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr6:8295211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr6:8295227`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,C36
`Chr6:8295236`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C6
`Chr6:8295252`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr6:8295277`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768216.1

319 aa

160

319

RETICULATA-like

PF11891 RETICULATA-like 97-263 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768216.1`	Pfam	`PF11891`	RETICULATA-like	Family	97	263	8.3e-59	199.0	Protein RETICULATA-related

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912233.1
CGAAAAGCAATTTCTAATAAGTGCAGCGCGTGAATTATCAAATCGTCCAAATTCAAAGGGTGAAAAATGTAATTACCAACAATTTGTCTTATTCAATCAGAAGGAGTTGATATTTCGGTATGTGGGTGGGCTTTCCTTCCTGCTATTGGTGTTTACAGTTTGCAATATCGTTGTAAATGGAATGGAAGAATTCTTACCCAATTCTCCATTAACACAATTCTTCATTTAATCTATGAGCATGAAAATTCTCATCAACATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988411
ATGGCGGCGATGGCTCAACTCTGCTGCTCTCCGCTTTCCGGCCACCGTTGCCTCATCACGACATCCAGCAGCTCCGCCGCTTCACATTCCCTCCCCTTCTCCCAGTGCACTAAAATCAAGTTCTCAAACCCTAATCTCGAATCCAAATTAAGTACACCGCACGCCGCCGGAGGCGGCAATGCCGGAATTAACAGTGGGGGCGGGGGCGGAGGTGGCGACAACGGCGGCAGTGGCAGCGAAGGGAACTCTGGCTTCGGACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768216.1
MAAMAQLCCSPLSGHRCLITTSSSSAASHSLPFSQCTKIKFSNPNLESKLSTPHAAGGGNAGINSGGGGGGGDNGGSGSEGNSGFGPIGAFLTGWRERVAADPQFPFKVVMEELVGVSACIVGDMASRPNFGLNELDFVFSTIVVGSILNLLLMYILAPTSSSLSQSLPWIFAGCPASHMFEAGGFTVMERLGTFVYKGAVFGGAGFVAGLVGTAISNGLIELRKKVEPEFVRPNKAPPTLLNASAWAVQLGVSSNLRYQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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