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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000886

染色体: Chr06 坐标: 8398840-8403859 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000886
名称SmilChr06G000886
描述uncharacterized SmilChr06G000886
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8398840 - 8403859 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988421
GeneID130988421
locus_tag-
NCBI NameLOC130988421
原始查询LOC130988421

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SAWADEE protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828636]; symbol=AT4G25330; hit=AT4G25330; species=arabidopsis; confidence=low
产物SAWADEE protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828636]; symbol=AT4G25330; hit=AT4G25330; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G25330 (AT4G25330)
SAWADEE protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828636]
identity=31; qcov=0.489; evalue=6.15e-25; confidence=low
RiceOs05g0386400
-
identity=25.8; qcov=0.452; evalue=3.29e-07; confidence=low
GOGO:0003682 (chromatin binding)
KEGG-
PfamPF16719 (SAWADEE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988421

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768228.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768228.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768228.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768228.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768228.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8400952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,C9
Chr6:8400997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr6:8401904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr6:8401922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:8401973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C52
Chr6:8401997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C49,C9
Chr6:8402100 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 18 A11,A2,B100,B102,B137,B140,B20,B46,B57,B66,B80,B88,B94,C33,C4,C48,C58,C83
Chr6:8402654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:8402799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C52
Chr6:8403168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C52
Chr6:8403319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:8403353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768228.1
438 aa
N
1
219
438
SAWADEE
C
PF16719 SAWADEE 25-166 aa
XP_057768229.1
429 aa
N
1
214
429
SAWADEE
C
PF16719 SAWADEE 16-157 aa
XP_057768230.1
429 aa
N
1
214
429
SAWADEE
C
PF16719 SAWADEE 16-157 aa
XP_057768231.1
437 aa
N
1
218
437
SAWADEE
C
PF16719 SAWADEE 25-166 aa
XP_057768232.1
428 aa
N
1
214
428
SAWADEE
C
PF16719 SAWADEE 16-157 aa
XP_057768233.1
428 aa
N
1
214
428
SAWADEE
C
PF16719 SAWADEE 16-157 aa
XP_057768234.1
403 aa
N
1
202
403
SAWADEE
C
PF16719 SAWADEE 25-166 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768228.1 Pfam PF16719 SAWADEE Domain 25 166 9.4e-29 100.7 SAWADEE domain
XP_057768229.1 Pfam PF16719 SAWADEE Domain 16 157 9.1e-29 100.8 SAWADEE domain
XP_057768230.1 Pfam PF16719 SAWADEE Domain 16 157 9.1e-29 100.8 SAWADEE domain
XP_057768231.1 Pfam PF16719 SAWADEE Domain 25 166 9.1e-29 100.8 SAWADEE domain
XP_057768232.1 Pfam PF16719 SAWADEE Domain 16 157 8.8e-29 100.8 SAWADEE domain
XP_057768233.1 Pfam PF16719 SAWADEE Domain 16 157 8.8e-29 100.8 SAWADEE domain
XP_057768234.1 Pfam PF16719 SAWADEE Domain 25 166 6.2e-29 101.3 SAWADEE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090093.1
AAAAAAACTGACAATATGAAAAAGGAGAGGAACAGTCTGTTTGCCAAGATCAACAAAATCTCCCAACTCCAATCTCCACTGCTAAATTCAGGGTTTTCAAAAATGCTTCCCAACTATCCCTCAATCGAATGTTTTTGGGAATTTTGATCCTGGTATGCTAAATTCCTCCTTCACCGAAGTAAAAATCTCACATTCCTCTCTCACCGTACATATACTGCATGCACAGCAGCATTTCGGACGCGTTAATGGCGGCCGTCGTG...
XM_057912247.1
GTCATTATCGCCTCCTAGAATTAGAATTGCCTCATTTTTGTACTTGTTTCATAGCTTCAATTCTTGCCGATCGACCTTTTTGTCTTTTGTGACATTTCAAAAAAAGAAAAAAAGAAAGGAAACTTTATTGAATTGAAAGGAAAAAAACTGACAATATGAAAAAGGAGAGGAACAGTCTGTTTGCCAAGATCAACAAAATCTCCCAACTCCAATCTCCACTGCTAAATTCAGGGTTTTCAAAAATGCTTCCCAACTATCCC...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130988421
ATGCACAGCAGCATTTCGGACGCGTTAATGGCGGCCGTCGTGAAGATGGAGACGACAGATGCGGCGTCGCCATACGACCTCGAGTACAGAGCCAGCGAGGACGACGCCTGGTACAGCGTGTGCGCCGTTTTGGACGCCGCCGCGGAGACGCTAACCGTCAAGTACATGTGCTCGCCGGAGGTCTACGAGGTAGTCTTCTCCGCAGGGAATTTCCAGACGGAGGCACAGGTGGAGGAGCTGGTCGCCCGGTTCAGACCGGT...
LOC130988421
ATGCACAGCAGCATTTCGGACGCGTTAATGGCGGCCGTCGTGAAGATGGAGACGACAGATGCGGCGTCGCCATACGACCTCGAGTACAGAGCCAGCGAGGACGACGCCTGGTACAGCGTGTGCGCCGTTTTGGACGCCGCCGCGGAGACGCTAACCGTCAAGTACATGTGCTCGCCGGAGGTCTACGAGGTAGTCTTCTCCGCAGGGAATTTCCAGACGGAGGCACAGGTGGAGGAGCTGGTCGCCCGGTTCAGACCGGT...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057768228.1
MHSSISDALMAAVVKMETTDAASPYDLEYRASEDDAWYSVCAVLDAAAETLTVKYMCSPEVYEVVFSAGNFQTEAQVEELVARFRPVSQQLQDEECLRLSIGTTVCAAHGTGDNDLRFYDAVVEAVDRRTHSFVGGEEECLCTFVLVWQHGRGRGTLTSVNIASICFLEPATQIDPRISAFAKMARKNTTSFKSMSAPASVDLASNGPSKGKKNSRISITNDLELPQNRPVESEITAKLKTQTKQMEADSAKISNYDQCT...
XP_057768229.1
MAAVVKMETTDAASPYDLEYRASEDDAWYSVCAVLDAAAETLTVKYMCSPEVYEVVFSAGNFQTEAQVEELVARFRPVSQQLQDEECLRLSIGTTVCAAHGTGDNDLRFYDAVVEAVDRRTHSFVGGEEECLCTFVLVWQHGRGRGTLTSVNIASICFLEPATQIDPRISAFAKMARKNTTSFKSMSAPASVDLASNGPSKGKKNSRISITNDLELPQNRPVESEITAKLKTQTKQMEADSAKISNYDQCTNQDEDMGPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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