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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000900

染色体: Chr06 坐标: 8491170-8495569 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000900
名称SmilChr06G000900
描述probable protein S-acyltransferase 17
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8491170 - 8495569 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988435
GeneID130988435
locus_tag-
NCBI NameLOC130988435
原始查询LOC130988435

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable protein S-acyltransferase 17
产物probable protein S-acyltransferase 17
ArabidopsisAT3G04970 (AT3G04970)
DHHC-type zinc finger family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819657]
identity=66.8; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0363900 (DHHC9)
-
identity=62.7; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006612 (protein targeting to membrane); GO:0018230 (peptidyl-L-cysteine S-palmitoylation); GO:0019706 (protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF01529 (DHHC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988435

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057768251.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057768251.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057768251.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768251.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768251.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8491623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:8492738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B107
Chr6:8492758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C52
Chr6:8493455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,C43,C78
Chr6:8493613 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:8493721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B107,C16,C52
Chr6:8493732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B70,B71,C24,C62
Chr6:8495066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B56,B96,C73
Chr6:8495301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768251.1
392 aa
N
1
196
392
DHHC
C
PF01529 DHHC 158-306 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768251.1 Pfam PF01529 DHHC Family 158 306 9.1e-37 126.8 DHHC palmitoyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912268.1
CACTGACAATAAAATAATTACGACAGTGAGATATATTGTTACACAAATTTGAGTGAGACAAGAAAATTGTAGGCTAAACTACGTTAAATTCCCAACCCAATTTCAGTTCCAAGCCATTTAGTCCCCAACCAAACTCCCTCCCAAATTCCCATCTAATCCCCAACCAAACTTCAATTTCAACTTTTATCCTTTCCCTAAAACCCAATTTACTTGAAATCTTGATGGCACTCCAATGGCTTCTGGTCTGCCATGGATTGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988435
ATGGCACTCCAATGGCTTCTGGTCTGCCATGGATTGGTGACGCTCTTGGTAGTCGTATCATTCCTCTGCGGCCAGTGGCCAATTTTTCAGGGCACCTTCATTCAGCGCATCCACTTCTTCCTCACTTTCGGCGCCTATGACTATTTCCGACGATTTGTTCTCTTCTCGTGCGGCTCTAGGGGCGTCGATGCGCTTCACTCTGTTGAGTACCATTGTTGTGACCGTCCCAACCCTATCATACAGTTGATATATTTGTTAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768251.1
MALQWLLVCHGLVTLLVVVSFLCGQWPIFQGTFIQRIHFFLTFGAYDYFRRFVLFSCGSRGVDALHSVEYHCCDRPNPIIQLIYLLIIGSTYYIIAKSSFIYIPGYYISGTHRYSSFLAVGVGIILFLLTSFSDPGVVNSSNVSQYLSAYPYDNIIFTEKECGTCKIPKPARSKHCSICDRCVARFDHHCAWMNNCIGERNTRYFMAFILWHFLICIYGIIALALILAGRLKDLQVIHILTVYYGVENSYRELAPLVLQW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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