Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000901

染色体: Chr06 坐标: 8495709-8497984 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000901
名称SmilChr06G000901
描述uncharacterized SmilChr06G000901
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8495709 - 8497984 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988436
GeneID130988436
locus_tag-
NCBI NameLOC130988436
原始查询LOC130988436

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述stress regulated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832787]; symbol=AT5G27290; hit=AT5G27290; species=arabidopsis; confidence=high
产物stress regulated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832787]; symbol=AT5G27290; hit=AT5G27290; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G27290 (AT5G27290)
stress regulated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832787]
identity=71.3; qcov=0.872; evalue=2.75e-160; confidence=high
RiceOs01g0382700
-
identity=68.3; qcov=0.852; evalue=7.68e-139; confidence=high
GOGO:0004176 (ATP-dependent peptidase activity); GO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057768252.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057768252.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.80000 XP_057768252.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057768252.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768252.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8496168 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr6:8496198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B50,B60,B91
Chr6:8496963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B16
Chr6:8497039 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B136
Chr6:8497039 GTC G 2bp_deletion CDS_variant 1 B136
Chr6:8497783 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr6:8497927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C72,C75
Chr6:8497938 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B7
Chr6:8497938 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B7
Chr6:8497950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B64,B90,B92,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912269.1
TTATTTCCAAAACAAAAGATCAACTTTAGGTGATGTTGAAAAATTTAGGAGTTTTGGGGAAAATGGGAGGTGGTGTTGTGATGTTTGGCAGCGGAGCATTGTACCTTTCTCGCCGTGGTTGCAGAATAGTGAGTGTAGTAGAGGCTGCGGGCGATGGCGGTGGGAGGTGGCAAGTGCTGGATCAAGTGGACAAGGAACTGAGCAAAGGCAATGATCGGGCTGCTCTGAATCTTGTTAGGGATTTGCAGGCCAAGCCCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988436
ATGTTGAAAAATTTAGGAGTTTTGGGGAAAATGGGAGGTGGTGTTGTGATGTTTGGCAGCGGAGCATTGTACCTTTCTCGCCGTGGTTGCAGAATAGTGAGTGTAGTAGAGGCTGCGGGCGATGGCGGTGGGAGGTGGCAAGTGCTGGATCAAGTGGACAAGGAACTGAGCAAAGGCAATGATCGGGCTGCTCTGAATCTTGTTAGGGATTTGCAGGCCAAGCCCGGCGGCCTCCGCTGCTTCGGCGCCACCCGCCAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768252.1
MLKNLGVLGKMGGGVVMFGSGALYLSRRGCRIVSVVEAAGDGGGRWQVLDQVDKELSKGNDRAALNLVRDLQAKPGGLRCFGATRQIPQRLYTLDELRLNGIEAASLLSPVDTTLGSIERSIQAAALLGAFAVSKLFDFTPQHIFFASLGLLFLWTLDAVSFDGGISFLIVDTLGHSLSQKYHNRVVQHESGHFLIAYLLGILPKGYTLTSLEALKKEGSLNVQAGTAFVDYEFLEEVSTGKVSASTLNTFSCIALAGVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器