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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000921

染色体: Chr06 坐标: 8745940-8747389 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000921
名称SmilChr06G000921
描述tetraspanin-2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8745940 - 8747389 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988456
GeneID130988456
locus_tag-
NCBI NameLOC130988456
原始查询LOC130988456

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tetraspanin-2-like
产物tetraspanin-2-like
ArabidopsisAT2G19580 (TET2)
tetraspanin2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816477]
identity=63.8; qcov=1; evalue=3.44e-119; confidence=high
RiceOs06g0572400 (OsTET9)
-
identity=56.7; qcov=1; evalue=2.46e-91; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0009734 (auxin-activated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00335 (Tetraspanin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988456

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057768295.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768295.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768295.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768295.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768295.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8746031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C76
Chr6:8746066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B92,C7
Chr6:8746147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C87,D2
Chr6:8746213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:8746830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr6:8746939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr6:8747062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr6:8747150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B7,C84
Chr6:8747203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B91,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768295.1
270 aa
N
1
135
270
Tetraspanin
C
PF00335 Tetraspanin 6-251 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768295.1 Pfam PF00335 Tetraspanin Family 6 251 3.8e-31 109.2 Tetraspanin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912312.1
GCTGTTAATGATGACAAAAAGGAAAAGAAAATTTTATGATGACGTTGACTCATGTCCATCACTTTGCTCCCTTCTTTTCAGTGTAATGTATTAAAATAGTAGTCAGTCTAACTGTAAATGTTCTGTTTCTATTTCCATTTCCCAAAGCAGATCCAGCAATCATGGCGGTGAGCAACAGCATCACGGCGATCCTCAACTTCGTGGCGATGATGTGCTCCTTCCCCATCATCGCCGCCGGCGTCTGGCTGGCGTCGCGGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988456
ATGGCGGTGAGCAACAGCATCACGGCGATCCTCAACTTCGTGGCGATGATGTGCTCCTTCCCCATCATCGCCGCCGGCGTCTGGCTGGCGTCGCGGGCGGACAACGAGTGCCTCCTGTGGCTCCGGTGGCCGCTCGTCTTCCTCGGCCTCGCCTTCCTGCTGGTCTCCGCCGCCGGATTCGTCGGCGCCTACTGGAAGAAGGAGGGCCTCCTGGCCATCTACCTCGTCGCCATGTTCATCCTCATCGTGGTGCTGCTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768295.1
MAVSNSITAILNFVAMMCSFPIIAAGVWLASRADNECLLWLRWPLVFLGLAFLLVSAAGFVGAYWKKEGLLAIYLVAMFILIVVLLVILVLAFVVTRPDGGAVVGGGVGFKEYRLDGFSSWLRDHVTATDNWGKIRACLAASQICPKLTHKFVSAPDFFAAHLSPLQSGCCKPPLMCGLEYSSPTTWLGQPNLAAGADCGVWSNDPRQLCYNCDSCKAGLLGNLREEWRKTNVILIITVVLLIWVYLIACSAYRNAQTEQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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