Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000927

染色体: Chr06 坐标: 8799251-8804583 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000927
名称SmilChr06G000927
描述uncharacterized SmilChr06G000927
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8799251 - 8804583 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988461
GeneID130988461
locus_tag-
NCBI NameLOC130988461
原始查询LOC130988461

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述RING finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835034]; symbol=AT5G49710; hit=AT5G49710; species=arabidopsis; confidence=high
产物RING finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835034]; symbol=AT5G49710; hit=AT5G49710; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G49710 (AT5G49710)
RING finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835034]
identity=58.6; qcov=0.965; evalue=2.4e-86; confidence=high
RiceOs02g0781700 (OJ1369_G08.12-2)
-
identity=51.9; qcov=1.04; evalue=9.79e-72; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988461

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057768303.1
2 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.80000 XP_057768303.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057768303.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.40000 XP_057768303.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057768303.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8802053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:8802114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C87,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912321.1
AAAAAACTGAATATTTTCCAACTATATTACTACAACATAGTGTTATTTTATAGTCGCACGCAAACACCCACAATATATATATATCTATCTATAAGTTAAAAGCTGTCGCATCTTCTCTTCATTGAAATCCCCAAATATCGTACTCTTAGCCCGGCCTCCAAACCGGCCCGGCCCGATATTCATGACGGAAGAAAGCCGGTAATTCGAGGCCCGATCGCCTCCAAACCCCACTTGGACGCACAACTCGCCATCGCCGCCCT...
XM_057912320.1
AACACCCACAATATATATATATCTATCTATAAGTTAAAAGCTGTCGCATCTTCTCTTCATTGAAATCCCCAAATATCGTACTCTTAGCCCGGCCTCCAAACCGGCCCGGCCCGATATTCATGACGGAAGAAAGCCGGTAATTCGAGGCCCGATCGCCTCCAAACCCCACTTGGACGCACAACTCGCCATCGCCGCCCTGCCTCCGCCGCCCACCGACAGTGCTGTGTTTCAGACTTCTATAACCCAAAGTCGGTAAATTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988461
ATGGAGTCAGCAGAGGTGATGGGTGCCCAGAAAGATAAGGTTCGGGTGAAGAGGAGAACCTTGGAAGCAGTATTGCAACAATGCCAATGGGCCCTTCAGCAGCTTGCCTCTGGATGTGATGATGGTGACGACAATGATGATAGTGTTGATGGTGAACAAGAGGTTCACCAAGACTCTGCGGAAACGTCTGCTCCCACCAATTATGATACCGACACAACTGAGTTCTATGGCCTCTTGAAATCCGGAGTTGAATGTGCTGA...
LOC130988461
ATGGAGTCAGCAGAGGTGATGGGTGCCCAGAAAGATAAGGTTCGGGTGAAGAGGAGAACCTTGGAAGCAGTATTGCAACAATGCCAATGGGCCCTTCAGCAGCTTGCCTCTGGATGTGATGATGGTGACGACAATGATGATAGTGTTGATGGTGAACAAGAGGTTCACCAAGACTCTGCGGAAACGTCTGCTCCCACCAATTATGATACCGACACAACTGAGTTCTATGGCCTCTTGAAATCCGGAGTTGAATGTGCTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768303.1
MESAEVMGAQKDKVRVKRRTLEAVLQQCQWALQQLASGCDDGDDNDDSVDGEQEVHQDSAETSAPTNYDTDTTEFYGLLKSGVECADFIKKLENAKASLPGNMAEEHSSWDMVNENDLWDGGNVELDSEDYVLVGQEDIMDGIASFMAAYLLSLKQTKDLSPNQLQAALSKTFSLKKKKGKLRKAWDGSKVVYNVASWGATAIGIYQNPALFRVASTAFWTSCDVISKLF
XP_057768304.1
MESAEVMGAQKDKVRVKRRTLEAVLQQCQWALQQLASGCDDGDDNDDSVDGEQEVHQDSAETSAPTNYDTDTTEFYGLLKSGVECADFIKKLENAKASLPGNMAEEHSSWDMVNENDLWDGGNVELDSEDYVLVGQEDIMDGIASFMAAYLLSLKQTKDLSPNQLQAALSKTFSLKKKKGKLRKAWDGSKVVYNVASWGATAIGIYQNPALFRVASTAFWTSCDVISKLF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器