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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000937

染色体: Chr06 坐标: 8972058-8975526 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000937
名称SmilChr06G000937
描述uncharacterized SmilChr06G000937
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8972058 - 8975526 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988470
GeneID130988470
locus_tag-
NCBI NameLOC130988470
原始查询LOC130988470

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述P0025A05.39-1; symbol=P0025A05.39-1; hit=Os01g0600300; species=rice; confidence=low
产物P0025A05.39-1; symbol=P0025A05.39-1; hit=Os01g0600300; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G11780 (AT5G11780)
SNF2 domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831050]
identity=29.2; qcov=0.716; evalue=5.26e-41; confidence=low
RiceOs01g0600300 (P0025A05.39-1)
-
identity=30.1; qcov=0.943; evalue=3.14e-66; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988470

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768313.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768313.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768313.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768313.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768313.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8972280 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 33 A10,A4,A6,B105,B113,B122,B127,B132,B133,B16,B3,B31,B58,B69,B8,B82,B87,C12,C14,C26,C3,C35,C38,C39,C47,C64,C66,C7,C77,C81,C82,D4,D9
Chr6:8972460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C76
Chr6:8972467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr6:8972879 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A14,B114,B12,B121,B15,B16,B29,B55,B88,C17,C30,C34,C38,C60,C62,C75,C79,C83,D1,D11,D3
Chr6:8972908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:8972916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B61,B72,C39,C56
Chr6:8972934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D10
Chr6:8973148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:8973160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr6:8973233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr6:8974690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,C39,C56
Chr6:8974721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B72,C39,C56,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912330.1
AGATTGTGATGCAGGACATCTCCGCCCAACTTCATAAAACCCTAATTCAAAATCAAACATCAGGGTTTAAGCACTTCACCACACCTTCAACCATGGCGTCAACCCTAACTGCACCCCAAGTTGACAATCTCCACCATTTCATCGGCAAAAACTACGAAATTTCCCTCAACCAGTCAATCGAAAATCTCTTAACCTCTGTACGAAAATCCAATGTCCAGAATTCCATTAATTTTGTCTCTGAGTTTCAAGAATTTGTGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988470
ATGCAGGACATCTCCGCCCAACTTCATAAAACCCTAATTCAAAATCAAACATCAGGGTTTAAGCACTTCACCACACCTTCAACCATGGCGTCAACCCTAACTGCACCCCAAGTTGACAATCTCCACCATTTCATCGGCAAAAACTACGAAATTTCCCTCAACCAGTCAATCGAAAATCTCTTAACCTCTGTACGAAAATCCAATGTCCAGAATTCCATTAATTTTGTCTCTGAGTTTCAAGAATTTGTGCAGTCTAAACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768313.1
MQDISAQLHKTLIQNQTSGFKHFTTPSTMASTLTAPQVDNLHHFIGKNYEISLNQSIENLLTSVRKSNVQNSINFVSEFQEFVQSKPDPPLESIWVYAALNFSSQKTEPFSRLSEIRDSFQLIVSCSASCNAIKSIALVAPVIYNLHKLILDLKSIQLGSKKERKICGEIKSLVDSVLGYINVCYSGFDQNFDELEGLNRPLLDLISFWLVGNGDEAMNAESLRVFFPLLSDDIANRVSAEGCEMIDLAGFVIAEAFLLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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