当前解析结果
SmilChr06G000937| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000937 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000937 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G000937 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 8972058 - 8975526 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988470 |
|---|---|
| GeneID | 130988470 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988470 |
| 原始查询 | LOC130988470 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | P0025A05.39-1; symbol=P0025A05.39-1; hit=Os01g0600300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | P0025A05.39-1; symbol=P0025A05.39-1; hit=Os01g0600300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G11780 (AT5G11780)SNF2 domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831050] identity=29.2; qcov=0.716; evalue=5.26e-41; confidence=low |
| Rice | Os01g0600300 (P0025A05.39-1)- identity=30.1; qcov=0.943; evalue=3.14e-66; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988470 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057768313.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768313.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768313.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057768313.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057768313.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:8972280 |
C |
CTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 33 | A10,A4,A6,B105,B113,B122,B127,B132,B133,B16,B3,B31,B58,B69,B8,B82,B87,C12,C14,C26,C3,C35,C38,C39,C47,C64,C66,C7,C77,C81,C82,D4,D9 |
Chr6:8972460 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B37,C76 |
Chr6:8972467 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A14 |
Chr6:8972879 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 21 | A14,B114,B12,B121,B15,B16,B29,B55,B88,C17,C30,C34,C38,C60,C62,C75,C79,C83,D1,D11,D3 |
Chr6:8972908 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:8972916 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B61,B72,C39,C56 |
Chr6:8972934 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,D10 |
Chr6:8973148 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:8973160 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr6:8973233 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr6:8974690 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B72,C39,C56 |
Chr6:8974721 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B72,C39,C56,D11 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。