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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002956`

染色体: Chr01 坐标: 48418977-48424002 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002956`
名称	SmilChr01G002956
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g42630
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	48418977 - 48424002 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988493`
GeneID	`130988493`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988493`
原始查询	`LOC130988493`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g42630
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g42630
Arabidopsis	`AT3G42630` (AT3G42630) Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823280] identity=53.8; qcov=0.916; evalue=4.18e-141; confidence=high
Rice	`Os08g0520200` - identity=50; qcov=0.77; evalue=4.1e-108; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988493

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057768351.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057768351.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768351.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768351.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768351.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:48422521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr1:48422573`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr1:48422660`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B66,B68,D7
`Chr1:48422699`	`TAC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	16	A21,B10,B104,B124,B133,B137,B22,B25,B38,B39,B73,B82,B91,C13,C58,D3
`Chr1:48422772`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr1:48422904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr1:48423202`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,B84
`Chr1:48423310`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr1:48423813`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768351.1

421 aa

210

421

PPR

PF01535 PPR 90-118 aa PF01535 PPR 161-188 aa

XP_057768363.1

418 aa

209

418

PPR

PF01535 PPR 87-115 aa PF01535 PPR 158-185 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768351.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	90	118	3.4e-07	30.8	PPR repeat
`XP_057768351.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	161	188	3.4e-07	30.8	PPR repeat
`XP_057768363.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	87	115	3.3e-07	30.8	PPR repeat
`XP_057768363.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	158	185	3.3e-07	30.8	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009090114.1
TTCACTTGTGTATTGTATTGTATATACTGTTATGTTATGAACCTCTTCTTTCCCTCTAAAAAAGGAAAATGGCGGTAGCGATAATGGTGTCCGCTCCAACGACCTTCAATACGGTGAAACGTTACCGTTTCAGACGATTATGCTCAAAAAATTGGGAGTCGCTCCAGTCTTCTCGCTCGACGAGTTTGCAGGAGAAATGCGAGGATTATGCTGACAGACGTAATGTGCACTATTCTGATTCACTTGCACATGGCTTAAGT...

XM_057912380.1
GTTTCTAGTTCACTTGTGTATTGTATTGTATATACTGTTATGTTATGAACCTCTTCTTTCCCTCTAAAAAAGGAAAATGGCGGTAGCGATAATGGTGTCCGCTCCAACGACCTTCAATACGGTGAAACGTTACCGTTTCAGACGATTATGCTCAAAAAATTGGGAGTCGCTCCAGTCTTCTCGCTCGACGGAGAAATGCGAGGATTATGCTGACAGACGTAATGTGCACTATTCTGATTCACTTGCACATGGCTTAAGTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988493
ATGGCGGTAGCGATAATGGTGTCCGCTCCAACGACCTTCAATACGGTGAAACGTTACCGTTTCAGACGATTATGCTCAAAAAATTGGGAGTCGCTCCAGTCTTCTCGCTCGACGGAGAAATGCGAGGATTATGCTGACAGACGTAATGTGCACTATTCTGATTCACTTGCACATGGCTTAAGTGTAGAAAGATCGTCTCTGGTTCCCAAAGAAAATTTTCTTGAGAAGAAACCAGATGGGCTCTTGCCCGAAAACACTAC...

LOC130988493
ATGGCGGTAGCGATAATGGTGTCCGCTCCAACGACCTTCAATACGGTGAAACGTTACCGTTTCAGACGATTATGCTCAAAAAATTGGGAGTCGCTCCAGTCTTCTCGCTCGACGAGTTTGCAGGAGAAATGCGAGGATTATGCTGACAGACGTAATGTGCACTATTCTGATTCACTTGCACATGGCTTAAGTGTAGAAAGATCGTCTCTGGTTCCCAAAGAAAATTTTCTTGAGAAGAAACCAGATGGGCTCTTGCCCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057768351.1
MAVAIMVSAPTTFNTVKRYRFRRLCSKNWESLQSSRSTSLQEKCEDYADRRNVHYSDSLAHGLSVERSSLVPKENFLEKKPDGLLPENTTLSALLLHYARNGLFSKALRIWDQLINSSCVPDAEVVSQLIFIYGSIQDFSMVTRILLQMQLKDVNLLHNIFSLAISYFGRSGRLDGMEFLIKEMVSMGYSVDSATGNAYILYNCAFCSLADIEVAYGRLKMSRILIEEKSIRAISFAYIKENKFYDLGRFIHDVGLGRRN...

XP_057768363.1
MAVAIMVSAPTTFNTVKRYRFRRLCSKNWESLQSSRSTEKCEDYADRRNVHYSDSLAHGLSVERSSLVPKENFLEKKPDGLLPENTTLSALLLHYARNGLFSKALRIWDQLINSSCVPDAEVVSQLIFIYGSIQDFSMVTRILLQMQLKDVNLLHNIFSLAISYFGRSGRLDGMEFLIKEMVSMGYSVDSATGNAYILYNCAFCSLADIEVAYGRLKMSRILIEEKSIRAISFAYIKENKFYDLGRFIHDVGLGRRNVGN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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