当前解析结果
SmilChr06G000953| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000953 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000953 |
| 描述 | meiotic nuclear division protein 1 homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 9173677 - 9177213 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988496 |
|---|---|
| GeneID | 130988496 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988496 |
| 原始查询 | LOC130988496 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | meiotic nuclear division protein 1 homolog |
| 产物 | meiotic nuclear division protein 1 homolog |
| Arabidopsis | AT4G29170 (ATMND1)Mnd1 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829038] identity=75.1; qcov=0.96; evalue=1e-117; confidence=high |
| Rice | Os09g0280600 (MND1)- identity=75.4; qcov=0.916; evalue=5.03e-115; confidence=high |
| GO | GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0007131 (reciprocal meiotic recombination) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03962 (Mnd1); PF18517 (LZ3wCH) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988496 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057768353.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057768353.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057768353.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768353.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768353.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:9175477 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,A19,B18,C46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768353.1PF03962
Mnd1 16-74 aa
PF18517
LZ3wCH 150-206 aa
XP_057768354.1PF03962
Mnd1 16-74 aa
PF18517
LZ3wCH 150-206 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768353.1 |
Pfam | PF03962 |
Mnd1 | Domain | 16 | 74 | 1e-24 | 87.3 | Mnd1 HTH domain |
XP_057768353.1 |
Pfam | PF18517 |
LZ3wCH | Domain | 150 | 206 | 3.7e-21 | 75.6 | Leucine zipper with capping helix domain |
XP_057768354.1 |
Pfam | PF03962 |
Mnd1 | Domain | 16 | 74 | 1e-24 | 87.3 | Mnd1 HTH domain |
XP_057768354.1 |
Pfam | PF18517 |
LZ3wCH | Domain | 150 | 206 | 3.7e-21 | 75.6 | Leucine zipper with capping helix domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。