Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000979

染色体: Chr06 坐标: 9554522-9569523 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000979
名称SmilChr06G000979
描述uncharacterized SmilChr06G000979
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向9554522 - 9569523 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988512
GeneID130988512
locus_tag-
NCBI NameLOC130988512
原始查询LOC130988512

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述oxidoreductase/transition metal ion-binding protein (DUF3531) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829061]; symbol=AT4G29400; hit=AT4G29400; species=arabidopsis; confidence=high
产物oxidoreductase/transition metal ion-binding protein (DUF3531) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829061]; symbol=AT4G29400; hit=AT4G29400; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G29400 (AT4G29400)
oxidoreductase/transition metal ion-binding protein (DUF3531) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829061]
identity=78.6; qcov=0.715; evalue=3.53e-118; confidence=high
RiceOs01g0558800
-
identity=70.3; qcov=0.719; evalue=2.46e-98; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF12049 (DUF3531)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988512

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057768365.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057768365.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057768365.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768365.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768365.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:9567283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr6:9569249 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:9569324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768365.1
281 aa
N
1
140
281
DUF3531
C
PF12049 DUF3531 131-272 aa
XP_057768366.1
281 aa
N
1
140
281
DUF3531
C
PF12049 DUF3531 131-272 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768365.1 Pfam PF12049 DUF3531 Family 131 272 3e-52 177.0 Protein of unknown function (DUF3531)
XP_057768366.1 Pfam PF12049 DUF3531 Family 131 272 3e-52 177.0 Protein of unknown function (DUF3531)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912383.1
AATACACACACACATAACGCACACAATACACACACAAATAGGTCTGGTTTGGAGAAAACCAATAAACAAACAGGTAATGCGCATATCTTCACTCCCACAATCATTCTCTGAATTTTGAAGGTAAAGAAGAAGTTGCAATTTTTCCGTAGCAGCTATCTACCCATCTCCTCCACCGCAACCCTCATGCTTATCCTCCAACCCTGTTTCACCGCTCTTCCGTTATCGCCGCCAAACAAATTTCGCCCCTTCCGACGCGCCAA...
XM_057912382.1
CACACACACATAACGCACACAATACACACACAAATAGGTCTGGTTTGGAGAAAACCAATAAACAAACAGGTAATGCGCATATCTTCACTCCCACAATCATTCTCTGAATTTTGAAGGTAAAGAAGAAGTTGCAATTTTTCCGTAGCAGCTATCTACCCATCTCCTCCACCGCAACCCTCATGCTTATCCTCCAACCCTGTTTCACCGCTCTTCCGTTATCGCCGCCAAACAAATTTCGCCCCTTCCGACGCGCCAAACCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988512
ATGCTTATCCTCCAACCCTGTTTCACCGCTCTTCCGTTATCGCCGCCAAACAAATTTCGCCCCTTCCGACGCGCCAAACCGCTGCGTTATCCCGGGCTACACCCACCTGCCACGCGGCTGACGACCAAGACTCTGCAGGCCCAGCTGGAAAGCAATGGTTTTCGTGGTGGAGATGATGAAGAGCTTGATGATGCCATCGATGTTTCGTGGGCTGGAGGCGGCTTTGGGGGTCGAGAAGTTGAAGACAAGGATTACGACAA...
LOC130988512
ATGCTTATCCTCCAACCCTGTTTCACCGCTCTTCCGTTATCGCCGCCAAACAAATTTCGCCCCTTCCGACGCGCCAAACCGCTGCGTTATCCCGGGCTACACCCACCTGCCACGCGGCTGACGACCAAGACTCTGCAGGCCCAGCTGGAAAGCAATGGTTTTCGTGGTGGAGATGATGAAGAGCTTGATGATGCCATCGATGTTTCGTGGGCTGGAGGCGGCTTTGGGGGTCGAGAAGTTGAAGACAAGGATTACGACAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768365.1
MLILQPCFTALPLSPPNKFRPFRRAKPLRYPGLHPPATRLTTKTLQAQLESNGFRGGDDEELDDAIDVSWAGGGFGGREVEDKDYDKDPEFAEILGSCIDDPDKAKSKMEERLRKKRNKILHTKTGSANPMKVHFNKFDFSNSYIWLEFYNAPLEQDISLVSDTIRSWHIVGRLGGCNSMNMQLSQAPLDIRPSYDAIQGANVTPTAFYNIGDLEVQHNLARIWVDIGTVEPLLLDILINALTQISSDYVGIKQVMFGGS...
XP_057768366.1
MLILQPCFTALPLSPPNKFRPFRRAKPLRYPGLHPPATRLTTKTLQAQLESNGFRGGDDEELDDAIDVSWAGGGFGGREVEDKDYDKDPEFAEILGSCIDDPDKAKSKMEERLRKKRNKILHTKTGSANPMKVHFNKFDFSNSYIWLEFYNAPLEQDISLVSDTIRSWHIVGRLGGCNSMNMQLSQAPLDIRPSYDAIQGANVTPTAFYNIGDLEVQHNLARIWVDIGTVEPLLLDILINALTQISSDYVGIKQVMFGGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器