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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000983

染色体: Chr06 坐标: 9633237-9634287 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000983
名称SmilChr06G000983
描述transcription factor MYB36-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向9633237 - 9634287 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988518
GeneID130988518
locus_tag-
NCBI NameLOC130988518
原始查询LOC130988518

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor MYB36-like
产物transcription factor MYB36-like
ArabidopsisAT5G57620 (MYB36)
myb domain protein 36 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835866]
identity=79.5; qcov=0.52; evalue=1.7e-70; confidence=medium
RiceOs01g0685400
-
identity=81; qcov=0.516; evalue=2.78e-69; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988518

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768374.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057768374.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768374.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768374.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768374.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:9633428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr6:9633483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768374.1
225 aa
N
1
112
225
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 14-62 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 17-72 aa PF00249 Myb_DNA-binding 69-111 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 71-119 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768374.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 14 62 1.1e-31 109.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057768374.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 17 72 1.5e-20 73.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057768374.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 69 111 1.1e-31 109.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057768374.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 71 119 1.5e-20 73.8 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912391.1
GTTGACAAAGTCAAGCTCAGCTCCCATCCTTAAAACCACACACATGTTTCTTCTCTTCTCTTCCCCATGTTTGGTCTCTCTCTCTCTCTAAGTGAAAAAAATAATTGAGAGTTAAATGGGAAGAGCACCTTGTTGTGACAAAAGTAAGGTGAAGAGGGGGCCATGGTCTCCTCAAGAAGACTCCACTCTTAGAGACTATGTTGAGAAACACGGCACTGCTGGAAGCTGGATTTCTTTGCCTCAAAAAGCAGGGCTGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988518
ATGGGAAGAGCACCTTGTTGTGACAAAAGTAAGGTGAAGAGGGGGCCATGGTCTCCTCAAGAAGACTCCACTCTTAGAGACTATGTTGAGAAACACGGCACTGCTGGAAGCTGGATTTCTTTGCCTCAAAAAGCAGGGCTGAAGCGATGCGGCAAGAGCTGTCGGCTGAGATGGCTAAATTACCTTAGGCCCAACATCAAGCATGGCGGCTTCACTCACCAAGAAGACACCATCATACTCGCACTCTATCATAACATCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768374.1
MGRAPCCDKSKVKRGPWSPQEDSTLRDYVEKHGTAGSWISLPQKAGLKRCGKSCRLRWLNYLRPNIKHGGFTHQEDTIILALYHNIGSRWSVIASQLPGRTDNDVKNYWNTKLKKKLATNHLAAAATINSNMLPYFPFDANSYQHSQIPLPALVEAPENALLPSAPATLSPPFINADGSCEDDAFLLDFMPNYDLLDAFDFHDKFNHQIDYHLQQEQHIYQSFTY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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