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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001000

染色体: Chr06 坐标: 9895619-9898558 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001000
名称SmilChr06G001000
描述phosphatidylglycerophosphate phosphatase PTPMT2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向9895619 - 9898558 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988535
GeneID130988535
locus_tag-
NCBI NameLOC130988535
原始查询LOC130988535

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylglycerophosphate phosphatase PTPMT2-like
产物phosphatidylglycerophosphate phosphatase PTPMT2-like
ArabidopsisAT5G56610 (AT5G56610)
Phosphotyrosine protein phosphatases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835762]
identity=72.2; qcov=0.676; evalue=1.68e-100; confidence=high
RiceOs01g0739200 (OsPP14)
-
identity=56; qcov=1.1; evalue=9.36e-115; confidence=high
GOGO:0004439 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0008138 (protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity)
KEGG-
PfamPF00782 (DSPc); PF22784 (PTP-SAK); PF22785 (Tc-R-P)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988535

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057768399.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057768399.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057768399.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768399.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768399.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768399.1
287 aa
N
1
144
287
PTP-SAK
Tc-R-P
DSPc
C
PF22784 PTP-SAK 81-183 aa PF22785 Tc-R-P 85-173 aa PF00782 DSPc 105-208 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768399.1 Pfam PF22784 PTP-SAK Domain 81 183 2.8e-13 50.9 Swiss Army Knife protein, DSP-PTPase phosphatase domain
XP_057768399.1 Pfam PF22785 Tc-R-P Domain 85 173 5.4e-12 46.9 Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase
XP_057768399.1 Pfam PF00782 DSPc Domain 105 208 9.6e-19 68.2 Dual specificity phosphatase, catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912416.1
AGAAATAGATTGCCTAATCTATAATAGAAGAACCAAGAACGCAGCTCATCTCCCCAAATCCCTCTTTTGACTTTCATCCTCTCTTTACCATATCCACCTCTTCTTCTCCTCGATTCCACCATCTTCGTCTCTCTCATCACCCGATCATTCAAATTCTCACTCCTCTGGCCTTCGATCATGCCAATTTTTACTCGAATTTCTAAATGATTATCAATTTGCTATCAGTGAAGTCCTTCAGCAGTTTCATCCTTCCGATCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988535
ATGAAGATCGAGGAGCTCGATGATGGCGCGGAAAGTATGATAGAGAGCAAGTACAGCAGAAATAGCGAAACGAGGCTGATCGCGGTTAGGGTTGACGCAAAAAGGGCTTTAGTCGGAGCCGGGGCTCGGATCCTGTTCTATCCGACCCTTTTGTACAACGTATTCCGCAACAAAGTTCAAGCGGAGTTCCGGTGGTGGGATCAAATCGATCAGTTTCTACTGCTGGGCGCTGTTCCATTTCCAAAGGATGTACCCCGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768399.1
MKIEELDDGAESMIESKYSRNSETRLIAVRVDAKRALVGAGARILFYPTLLYNVFRNKVQAEFRWWDQIDQFLLLGAVPFPKDVPRLKQLGVGGVITLNEPYETLVPTSLYYANEIDHLVIPTRDYLFAPSFGDINRAVDFIHRNALSGQTTYVHCKAGRGRSTTIVLCYLVQYKHMTPAAALEYVRSRRPRVLLAPIQWKAVQEYQQRCMASRTVCTSGDAVLITKADLEGYDSPCNDNSSKELAVVSRRSNTSPMMAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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