当前解析结果
SmilChr06G001008| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001008 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001008 |
| 描述 | profilin-3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 9971286 - 9973336 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988542 |
|---|---|
| GeneID | 130988542 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988542 |
| 原始查询 | LOC130988542 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | profilin-3-like |
| 产物 | profilin-3-like |
| Arabidopsis | AT5G56600 (PRF3)profilin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835761] identity=77.1; qcov=0.757; evalue=7.34e-76; confidence=high |
| Rice | Os06g0152100 (OsPRF2)- identity=80; qcov=0.751; evalue=7.95e-79; confidence=high |
| GO | GO:0003785 (actin monomer binding); GO:0005938 (cell cortex); GO:0042989 (GO:0042989) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00235 (Profilin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988542 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057768407.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057768408.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057768408.1 |
| 4 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057768407.1 |
| 5 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.20000 | XP_057768407.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:9971324 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C24 |
Chr6:9971324 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C24 |
Chr6:9971387 |
CCT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B136 |
Chr6:9971387 |
CCT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr6:9972890 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768407.1PF00235
Profilin 1-131 aa
XP_057768408.1PF00235
Profilin 43-173 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768407.1 |
Pfam | PF00235 |
Profilin | Domain | 1 | 131 | 4.6e-46 | 156.8 | Profilin |
XP_057768408.1 |
Pfam | PF00235 |
Profilin | Domain | 43 | 173 | 1.2e-45 | 155.4 | Profilin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。