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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001024`

染色体: Chr06 坐标: 10139991-10144574 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001024`
名称	SmilChr06G001024
描述	ribosomal RNA small subunit methyltransferase-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	10139991 - 10144574 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988557`
GeneID	`130988557`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988557`
原始查询	`LOC130988557`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ribosomal RNA small subunit methyltransferase-like
产物	ribosomal RNA small subunit methyltransferase-like
Arabidopsis	`AT2G47420` (DIM1A) Ribosomal RNA adenine dimethylase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819355] identity=70; qcov=1.02; evalue=3.03e-173; confidence=high
Rice	`Os10g0183900` - identity=70.6; qcov=1.03; evalue=1.09e-179; confidence=high
GO	GO:0000179 (rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity); GO:0005759 (mitochondrial matrix); GO:0031167 (rRNA methylation)
KEGG	-
Pfam	PF00398 (RrnaAD); PF08241 (Methyltransf_11); PF13649 (Methyltransf_25)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988557

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768424.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057768424.1`
3	Nucleolus	核仁	0.80000	`XP_057768424.1`
4	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.40000	`XP_057768424.1`
5	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057768424.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:10140206`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr6:10140206`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B104
`Chr6:10140238`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B137,B45,B75,C48,C72
`Chr6:10140446`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B102,B19,C25,D1
`Chr6:10140531`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B44,B69,C38,D9
`Chr6:10140761`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:10140768`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr6:10140800`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr6:10140825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:10140845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B137,C72
`Chr6:10140870`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr6:10141010`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768424.1

352 aa

176

352

RrnaAD

Methyltransf_25

Methyltransf_11

PF00398 RrnaAD 25-252 aa PF13649 Methyltransf_25 55-123 aa PF08241 Methyltransf_11 56-122 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768424.1`	Pfam	`PF00398`	RrnaAD	Domain	25	252	3.7e-65	220.4	Ribosomal RNA adenine dimethylase
`XP_057768424.1`	Pfam	`PF13649`	Methyltransf_25	Domain	55	123	1e-07	33.2	Methyltransferase domain
`XP_057768424.1`	Pfam	`PF08241`	Methyltransf_11	Domain	56	122	1.1e-05	26.6	Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912441.1
CCCCATTCTTTCGAGTTTCGAGCCATCCCCTATCTCTCTGTGAATCTCGCATATATTCTCTATCTTCTTCGGCGGCAGCAACAGTCACAGGTAGCCACGGCCGCCGCCGTACACACCATCATCTCTATAGCCTCTCGCCCTCTGTCTCACTTCTCCTTCACAAATTCTAGCGCGGCACAAATTTGCTGTTACAATAGCACGGCGCCGCCGTCGACTTTATTTCCCCCACTGGTTTCGCCACGTCATTGGGACTAGTACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988557
ATGGCGGGAGGCAAAATCAGGAAAGAGAGGCCCCAAAGAGGCGGCGCCACCCACTTCCAGGGAGGAATCCCGTTCCACAAGTCGAAAGGCCAGCATATACTGAAGAACCCTCTCCTGGTCGACTCAATCGTCCAGAAATCCGGCATCAAACACACCGACACCATCCTCGAGATCGGTCCGGGTACAGGAAATCTCACGAAGAAGCTTCTTGAAGTCGGTAAATGCGTCATCGCCGTCGAGCTCGACCCGCGCATGGTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768424.1
MAGGKIRKERPQRGGATHFQGGIPFHKSKGQHILKNPLLVDSIVQKSGIKHTDTILEIGPGTGNLTKKLLEVGKCVIAVELDPRMVLELERRFRGTPYSSRLKVIQGDVLKCDLPYFDICVANIPYQISSPLTFKLLSHRPLFRCAVIMFQREFAMRLVAQPGDSLYCRLSVNTQLLARVNHLLKVGRNNFRPPPKVDSSVVRIEPRKPLPPVNFKEWDGLVRICFNRKNKTLGALFRQKGILALLEKNFKTLQALQLKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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