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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001026

染色体: Chr06 坐标: 10176814-10183046 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001026
名称SmilChr06G001026
描述tRNA A64-2'-O-ribosylphosphate transferase
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向10176814 - 10183046 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988560
GeneID130988560
locus_tag-
NCBI NameLOC130988560
原始查询LOC130988560

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tRNA A64-2'-O-ribosylphosphate transferase
产物tRNA A64-2'-O-ribosylphosphate transferase
ArabidopsisAT2G40570 (AT2G40570)
initiator tRNA phosphoribosyl transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818652]
identity=56.7; qcov=0.984; evalue=2.03e-166; confidence=high
RiceOs06g0555500
-
identity=53.9; qcov=0.993; evalue=1.81e-155; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0019988 (charged-tRNA amino acid modification); GO:0043399 (tRNA adenosine(64)-2'-O-ribosylphosphate transferase activity)
KEGG-
PfamPF04179 (Init_tRNA_PT); PF17184 (Rit1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988560

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057768426.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057768426.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057768428.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768426.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768426.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:10179063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:10179108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,C27,C82
Chr6:10179335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B139,B32,C4,C48
Chr6:10179755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B52,B77,C12,D10
Chr6:10179791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B52,B77,C12
Chr6:10179819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:10179889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:10179910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:10180242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C84
Chr6:10182092 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C87,D10
Chr6:10182905 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B91
Chr6:10182905 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768426.1
526 aa
N
1
263
526
Rit1_C
Init_tRNA_PT
C
PF17184 Rit1_C 19-308 aa PF04179 Init_tRNA_PT 406-516 aa
XP_057768427.1
525 aa
N
1
262
525
Rit1_C
Init_tRNA_PT
C
PF17184 Rit1_C 19-308 aa PF04179 Init_tRNA_PT 406-515 aa
XP_057768428.1
433 aa
N
1
216
433
Rit1_C
Init_tRNA_PT
C
PF17184 Rit1_C 7-215 aa PF04179 Init_tRNA_PT 313-423 aa
XP_057768429.1
432 aa
N
1
216
432
Rit1_C
Init_tRNA_PT
C
PF17184 Rit1_C 7-215 aa PF04179 Init_tRNA_PT 313-422 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768426.1 Pfam PF17184 Rit1_C Domain 19 308 2.1e-97 326.5 Rit1 N-terminal domain
XP_057768426.1 Pfam PF04179 Init_tRNA_PT Domain 406 516 7.2e-28 97.8 Rit1 DUSP-like domain
XP_057768427.1 Pfam PF17184 Rit1_C Domain 19 308 2.1e-97 326.5 Rit1 N-terminal domain
XP_057768427.1 Pfam PF04179 Init_tRNA_PT Domain 406 515 1.3e-28 100.3 Rit1 DUSP-like domain
XP_057768428.1 Pfam PF17184 Rit1_C Domain 7 215 3.2e-59 201.3 Rit1 N-terminal domain
XP_057768428.1 Pfam PF04179 Init_tRNA_PT Domain 313 423 5.6e-28 98.2 Rit1 DUSP-like domain
XP_057768429.1 Pfam PF17184 Rit1_C Domain 7 215 3.2e-59 201.3 Rit1 N-terminal domain
XP_057768429.1 Pfam PF04179 Init_tRNA_PT Domain 313 422 9.8e-29 100.6 Rit1 DUSP-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912444.1
ATGGAGGAGGAGGAGCATAGACGAAGCCAAAACATATACAAAATATGTCGGAGCATAAAGCGCAGAGACAGCAGCCTCTACAACGCCCTGCGCTCCATCTACGAGGACTCCATCTTCGTTGGAGAAATCGCTCAGCTATGGCCGGAGCTCCCGCTCCTCGCCAATCTCCGATGCGGCCTCTGGTACTCCCCCAATTTCCACTCCAATTGTTACTTCAAATCTACCGACGGCCACACCAACAACCTCTCTTTCAGTACCGC...
XM_057912443.1
ATGGAGGAGGAGGAGCATAGACGAAGCCAAAACATATACAAAATATGTCGGAGCATAAAGCGCAGAGACAGCAGCCTCTACAACGCCCTGCGCTCCATCTACGAGGACTCCATCTTCGTTGGAGAAATCGCTCAGCTATGGCCGGAGCTCCCGCTCCTCGCCAATCTCCGATGCGGCCTCTGGTACTCCCCCAATTTCCACTCCAATTGTTACTTCAAATCTACCGACGGCCACACCAACAACCTCTCTTTCAGTACCGC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130988560
ATGGAGGAGGAGGAGCATAGACGAAGCCAAAACATATACAAAATATGTCGGAGCATAAAGCGCAGAGACAGCAGCCTCTACAACGCCCTGCGCTCCATCTACGAGGACTCCATCTTCGTTGGAGAAATCGCTCAGCTATGGCCGGAGCTCCCGCTCCTCGCCAATCTCCGATGCGGCCTCTGGTACTCCCCCAATTTCCACTCCAATTGTTACTTCAAATCTACCGACGGCCACACCAACAACCTCTCTTTCAGTACCGC...
LOC130988560
ATGGAGGAGGAGGAGCATAGACGAAGCCAAAACATATACAAAATATGTCGGAGCATAAAGCGCAGAGACAGCAGCCTCTACAACGCCCTGCGCTCCATCTACGAGGACTCCATCTTCGTTGGAGAAATCGCTCAGCTATGGCCGGAGCTCCCGCTCCTCGCCAATCTCCGATGCGGCCTCTGGTACTCCCCCAATTTCCACTCCAATTGTTACTTCAAATCTACCGACGGCCACACCAACAACCTCTCTTTCAGTACCGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057768426.1
MEEEEHRRSQNIYKICRSIKRRDSSLYNALRSIYEDSIFVGEIAQLWPELPLLANLRCGLWYSPNFHSNCYFKSTDGHTNNLSFSTARLNLHVALLVAQRGGCIIVDSTRKGKRFPDSMSKTIPIWTCVLNRAILNYKRKRDRCDCPQNQSGTTNEPVNPDQGSSDWDCSLHLPLWVSETEKEMIGKRLEGWNMELEASGADIASIALALRKPLRPLWISQKTVIWLNEVPEFDSWDFTPIILVSTSSLSGSQQRTTSEF...
XP_057768427.1
MEEEEHRRSQNIYKICRSIKRRDSSLYNALRSIYEDSIFVGEIAQLWPELPLLANLRCGLWYSPNFHSNCYFKSTDGHTNNLSFSTARLNLHVALLVAQRGGCIIVDSTRKGKRFPDSMSKTIPIWTCVLNRAILNYKRKRDRCDCPQNQSGTTNEPVNPDQGSSDWDCSLHLPLWVSETEKEMIGKRLEGWNMELEASGADIASIALALRKPLRPLWISQKTVIWLNEVPEFDSWDFTPIILVSTSSLSGSQQRTTSEF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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