Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001040`

染色体: Chr06 坐标: 10297711-10300817 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001040`
名称	SmilChr06G001040
描述	NASP-related protein sim3-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	10297711 - 10300817 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988571`
GeneID	`130988571`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988571`
原始查询	`LOC130988571`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NASP-related protein sim3-like
产物	NASP-related protein sim3-like
Arabidopsis	`AT4G37210` (AT4G37210) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829875] identity=53; qcov=1.01; evalue=1.33e-137; confidence=high
Rice	`Os07g0122400` - identity=47.9; qcov=0.916; evalue=2.16e-108; confidence=high
GO	GO:0005654 (nucleoplasm); GO:0006335 (DNA replication-dependent chromatin assembly); GO:0034080 (CENP-A containing chromatin assembly); GO:0042393 (histone binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988571

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768436.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057768436.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768436.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768436.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768436.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:10297984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127
`Chr6:10299560`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr6:10300171`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B2
`Chr6:10300172`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B2
`Chr6:10300216`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr6:10300632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B120,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912453.1
AAATCAGATTTGTTAATTGTTTTCTAGGTGAAAAGCCCAACCCAGGCCCGTAACGAGAGCTGAAGACCACTTTATCCTGAGAATCCGGGTACGCTTTCGATCTAGCCTGTGGGCACTCTCGAGCTCGTTATATAAACTCCTTACATTTTTTAATTTTTCAATCGATTTTGCGCCAAGGGTTTTGCATTTCTATTTGAACCAGAGCAAGAGCGGGTGAGGTTTTTCCAGTTTTTTGTTTGTTAAATCGAAAATGGCAGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988571
ATGGCAGATGACGCGGCGGACACCAGATTGCAAGGCCCCGTTGACAATCAGAACCCTAACTCCGTCGATGCGCAGACTGAGCCTGGCGTCGGTGGCGGCCCCGCGGAATCCATCTGCAACAACAACGCTTCTAAAAGCTCCGACGTCCCTAACGACGATGAGCGAGAAAAGACCTTGGAATTCGCCGACGAGTTGATGGCTCGGGGCTCTAAAGCCGCCAAGGATCGCGATTACGCCGAAGCCACTGATTGCTATAGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768436.1
MADDAADTRLQGPVDNQNPNSVDAQTEPGVGGGPAESICNNNASKSSDVPNDDEREKTLEFADELMARGSKAAKDRDYAEATDCYSRALEIRVAKFGELAPECIAAYYKYGCALLYKAQEESDPLASMPKKEGVSREDSSKESSSKIPVNGQSSATSTENDAEQDVKGKDEEGDSESDGEDQPDDDEDESDLDLAWKMLDVARAIAEMASGDTMEKVDILSALAEVALEREDVETSQSDYLKALSMLERLVEPDSRLIAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器