Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001044`

染色体: Chr06 坐标: 10311155-10313470 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001044`
名称	SmilChr06G001044
描述	thioredoxin-like protein HCF164, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	10311155 - 10313470 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988574`
GeneID	`130988574`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988574`
原始查询	`LOC130988574`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	thioredoxin-like protein HCF164, chloroplastic
产物	thioredoxin-like protein HCF164%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT4G37200` (HCF164) Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829874] identity=80.3; qcov=0.695; evalue=4.16e-107; confidence=high
Rice	`Os03g0767500` - identity=71.6; qcov=0.84; evalue=4.22e-111; confidence=high
GO	GO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0010190 (cytochrome b6f complex assembly)
KEGG	-
Pfam	PF00085 (Thioredoxin); PF00578 (AhpC-TSA); PF08534 (Redoxin); PF13098 (Thioredoxin_2); PF13899 (Thioredoxin_7); PF13905 (Thioredoxin_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988574

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057768438.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057768438.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	1.00000	`XP_057768438.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768438.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768438.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:10311380`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C70
`Chr6:10311380`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C70
`Chr6:10311442`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	46	A20,A22,A7,B10,B100,B108,B120,B130,B131,B135,B14,B15,B17,B25,B34,B47,B51,B52,B56,B80,B84,B96,B99,C1,C17,C23,C24,C27,C29,C30,C31,C32,C4,C50,C57,C6,C68,C71,C72,C73,C75,C76,C82,C83,D3,D9
`Chr6:10311672`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B139,C4,C48
`Chr6:10313131`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C72
`Chr6:10313131`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768438.1

256 aa

128

256

Thioredoxin_7

Thioredoxin

Thioredoxin_2

AhpC-TSA

Redoxin

Thioredoxin_8

PF13899 Thioredoxin_7 126-197 aa PF00085 Thioredoxin 126-220 aa PF13098 Thioredoxin_2 127-218 aa PF00578 AhpC-TSA 129-177 aa PF08534 Redoxin 131-199 aa PF13905 Thioredoxin_8 133-179 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768438.1`	Pfam	`PF13899`	Thioredoxin_7	Domain	126	197	3.6e-10	40.6	Thioredoxin-like
`XP_057768438.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	126	220	2.5e-20	73.1	Thioredoxin
`XP_057768438.1`	Pfam	`PF13098`	Thioredoxin_2	Domain	127	218	4.9e-12	46.9	Thioredoxin-like domain
`XP_057768438.1`	Pfam	`PF00578`	AhpC-TSA	Domain	129	177	5.5e-06	27.1	AhpC/TSA family
`XP_057768438.1`	Pfam	`PF08534`	Redoxin	Domain	131	199	2.5e-06	28.0	Redoxin
`XP_057768438.1`	Pfam	`PF13905`	Thioredoxin_8	Domain	133	179	8.7e-09	36.4	Thioredoxin-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912455.1
AGGAGTACAATTTTTAACTAGAGTCCAATCACGATTATGGAGCAATTGTAAAGCCAAAAAAGAATATGGTGTGGCTCATTACTATCCGCAAGCTTAAAGGTACAACTCTAAACGCCAACAAAGTGTAGTACCTTTGACCATTTTCCATCAAACTCCACCGTTCCGCCATGGCTTCAACTTCCAGCGCCGCCGTCACTCTTCCCCGATTCCGATCCTCATCTTTCCACTCACATCTCCACCCGCCGCGCTTCGTAAATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988574
ATGGCTTCAACTTCCAGCGCCGCCGTCACTCTTCCCCGATTCCGATCCTCATCTTTCCACTCACATCTCCACCCGCCGCGCTTCGTAAATTTCTCCTCACATTTTCAGAAGAATTATCTCCGACGTCACAAGATTTACTGCGCAAACAATTCCGATCCCGCACCAACGGAGGAGAAGCCCGAATCAGGAATTGATGCTGCCGCGACCGAGACGTCGTCGTCGTCGGCTGGTGCTGGATTGCCAGAGTATCCTACTAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768438.1
MASTSSAAVTLPRFRSSSFHSHLHPPRFVNFSSHFQKNYLRRHKIYCANNSDPAPTEEKPESGIDAAATETSSSSAGAGLPEYPTKDLNRRVAVASVLAAVGLFVSGRLDFGGTSLKDLSAEALPYEKALSNGKPTVVEFYADWCEVCKELAPDVYKVKQQFKDKVNFVMLNVDNTKWEQELDEFGVEGIPHFAFLDKDGNEEGNVVGRLPRKYLLENVDALARGEASVPHARVVGQYSSTEARKVHQVVDPRSHG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器