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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001050

染色体: Chr06 坐标: 10353571-10357942 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001050
名称SmilChr06G001050
描述protein root UVB sensitive 4
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向10353571 - 10357942 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988578
GeneID130988578
locus_tag-
NCBI NameLOC130988578
原始查询LOC130988578

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein root UVB sensitive 4
产物protein root UVB sensitive 4
ArabidopsisAT2G23470 (RUS4)
root UVB sensitive protein (Protein of unknown function, DUF647) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816879]
identity=61.6; qcov=0.865; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0886900 (OsRUS6A)
-
identity=27.3; qcov=0.75; evalue=3.74e-38; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF04884 (UVB_sens_prot)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988578

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057768443.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057768443.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057768443.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057768443.1
5 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057768443.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:10357370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr6:10357500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B78
Chr6:10357554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,D11
Chr6:10357713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B84,C71
Chr6:10357746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr6:10357748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768443.1
527 aa
N
1
264
527
UVB_sens_prot
C
PF04884 UVB_sens_prot 124-355 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768443.1 Pfam PF04884 UVB_sens_prot Domain 124 355 7.9e-64 216.3 Vitamin B6 photo-protection and homoeostasis domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912460.1
TCATATGATAATGTCCGTATCATTAATACTTTTAAGGGGTGGTTCTCACCGTGCTCCCCCTCTCCGCCGTTGCCGTCGCTTCCGCCGCTGCACACTCTGTTTTGAGAATTCGTACCATTTTTTATAGTGATGAAAGTAACGCTACTCGCACCTTCAAATTCACAACTTTATTCCACATGGGGTGTAAGATATGACTCCATCAAAGCTACCAAACCCATCAACCCAAAAACCTCTGTTAAACCCTTGTCTGTCTCAAAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988578
ATGAAAGTAACGCTACTCGCACCTTCAAATTCACAACTTTATTCCACATGGGGTGTAAGATATGACTCCATCAAAGCTACCAAACCCATCAACCCAAAAACCTCTGTTAAACCCTTGTCTGTCTCAAAACCATCGAACATATCCTTGAACTTCAATCATGAATATCAAGATGAGGAAAAGATACAACCACTTTACCTCAACCAAGAAGCCCCCGATAATTTCGACCTCCCTGTTGTCATACACCGTTCAGGGACGATTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768443.1
MKVTLLAPSNSQLYSTWGVRYDSIKATKPINPKTSVKPLSVSKPSNISLNFNHEYQDEEKIQPLYLNQEAPDNFDLPVVIHRSGTISRYLWDGKELRLVSVDGDSQFSIWSFYGMNRLGRVCGAAVRNFFLPREVKENYFEYVKWKFLHRVFSSALQVLATQAMFRAIGIGYSRSLPSAAALNWVLKDGLGRLSRCIYTASLASAFDTNLKRVRFSTSILFSLSIGVELLTPAFPAYFLLLATIANIAKQISLACYLSTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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