Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001049`

染色体: Chr06 坐标: 10351852-10353464 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001049`
名称	SmilChr06G001049
描述	protein JINGUBANG-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	10351852 - 10353464 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988579`
GeneID	`130988579`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988579`
原始查询	`LOC130988579`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein JINGUBANG-like
产物	protein JINGUBANG-like
Arabidopsis	`AT3G50390` (AT3G50390) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824203] identity=60.5; qcov=0.852; evalue=7.18e-150; confidence=high
Rice	`Os03g0738700` (OsWD40-89) - identity=56.8; qcov=0.862; evalue=4.23e-133; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00400 (WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057768444.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057768444.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057768444.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768444.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768444.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:10352113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr6:10352511`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B137
`Chr6:10352511`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B137
`Chr6:10352566`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B91
`Chr6:10352566`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B91
`Chr6:10352571`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr6:10352604`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C16,C52
`Chr6:10352618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr6:10352825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr6:10352887`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr6:10352906`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr6:10352961`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768444.1

419 aa

210

419

WD40

PF00400 WD40 53-78 aa PF00400 WD40 151-179 aa PF00400 WD40 185-220 aa PF00400 WD40 235-268 aa PF00400 WD40 280-309 aa PF00400 WD40 317-371 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768444.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	53	78	1.2e-39	133.8	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768444.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	151	179	1.2e-39	133.8	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768444.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	185	220	1.2e-39	133.8	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768444.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	235	268	1.2e-39	133.8	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768444.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	280	309	1.2e-39	133.8	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768444.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	317	371	1.2e-39	133.8	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912461.1
AAAATAAAATGAATATTAGCATATATCCGAGAAGAGGTTGAGAAAATTGCAGAATTTGTATATAGCATTGCTAAAATTTAGCATATCCTGATGGGCGTGGATGAGGAAATACGATTCCCTGATTGGGTGTATGTAATCAAGGATTGATGATGAAGAATTCAGAATCGTCCTCCCCCCGGAAAAGGGCAAGCTTGGCGAGGTGGGTGCAGTCAGATGGGGGGCAGAGCAGTTTCCGGTACATCCCCGCCCCCTCCATGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988579
ATGATGAAGAATTCAGAATCGTCCTCCCCCCGGAAAAGGGCAAGCTTGGCGAGGTGGGTGCAGTCAGATGGGGGGCAGAGCAGTTTCCGGTACATCCCCGCCCCCTCCATGGAATCTCATCATGAGACGCGCCTCCTGGGCTCCCTGGTCCGCAAACAAGGCCACATTTATTCCCTGGCGGCGTCGGGCGACCTCCTCTACACGGGGTCCGAGAGCAAGAGCATCAGGGTGTGGAAGAACCAGAAGGAATTCTCGGGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768444.1
MMKNSESSSPRKRASLARWVQSDGGQSSFRYIPAPSMESHHETRLLGSLVRKQGHIYSLAASGDLLYTGSESKSIRVWKNQKEFSGFKSPSGLVKAIIIAADRIFSAHQDGKIRIWRASRKDPTFHKRVGTLPTLRAMIKSSFHYYRNAMHTDAISCLCLSEDKSLLYSASWDKTFKVWRISDSKCIESVPAHADAVNALVAACDGFVFTGSADGTVKVWRRQPLARKTKHLLTQTLLNQDCAVTSLAVDPSGKFLYCGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器