Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001060`

染色体: Chr06 坐标: 10474349-10482708 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr06G001060`
名称	SmilChr06G001060
描述	uncharacterized SmilChr06G001060
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	10474349 - 10482708 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988587`
GeneID	`130988587`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC130988587`
原始查询	`LOC130988587`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
拟南芥	`-` -
水稻	`Os08g0315200` - identity=34.73; qcov=0.472; evalue=1.81e-25; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988587

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	细胞质	0.80000	`XP_057768450.1`
2	细胞核	0.40000	`XP_057768450.1`
3	细胞质基质	0.40000	`XP_057768450.1`
4	核质	0.20000	`XP_057768450.1`
5	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057768450.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:10478811`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr6:10478946`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B29,C32
`Chr6:10478983`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr6:10478988`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C9,D2
`Chr6:10478988`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	C9,D2
`Chr6:10479004`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B115,C36
`Chr6:10479051`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr6:10479063`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B7
`Chr6:10479064`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B29,B99
`Chr6:10479090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B16,B22,B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768450.1

354 aa

177

354

Ty3_capsid

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

PF19259 Ty3_capsid 35-210 aa PF03732 PEG10_N-capsid 44-123 aa PF00098 zf-CCHC 287-304 aa

XP_057768451.1

354 aa

177

354

Ty3_capsid

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

PF19259 Ty3_capsid 35-210 aa PF03732 PEG10_N-capsid 44-123 aa PF00098 zf-CCHC 287-304 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`XP_057768450.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	35	210	1.7e-08	34.9	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057768450.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	44	123	2.5e-13	50.9	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057768450.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	287	304	1.9e-05	25.2	Zinc knuckle
`XP_057768451.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	35	210	1.7e-08	34.9	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057768451.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	44	123	2.5e-13	50.9	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057768451.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	287	304	1.9e-05	25.2	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009090144.1
ATATTTATTTAATTTAGCATTCAAGTATTTTTTTTTTACGAGATATTTATTTAGCAAACCCTGAAATATTTATTACAGTCCCGATATTTTATCTATGTTACTAATAACCACCCAATATCATGATATATTTTTTTTTTTTACATACATGTGCAGACAATCAATTATATCTGCATAATAAAATCATATCTTTGATATCTTATCAAATTTTTGTCCACTTTCATTTGCTTCCACTTTCTTTTATTTTATTTGTCCACTTTCTT...

XM_057912467.1
TTATTTAATTTAGCATTCAAGTATTTTTTTTTTACGAGATATTTATTTAGCAAACCCTGAAATATTTATTACAGTCCCGATATTTTATCTATGTTACTAATAACCACCCAATATCATGATATATTTTTTTTTTTTACATACATGTGCAGACAATCAATTATATCTGCATAATAAAATCATATCTTTGATATCTTATCAAATTTTTGTCCACTTTCATTTGCTTCCACTTTCTTTTATTTTATTTGTCCACTTTCTTTTGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080392.1_cds_XP_057768450.1_31810
ATGGAAGGTGCACCAAGAGGACGTGGTAGAGGGCGCGGACGTGGCCGTGGGCGCGGTAGGGGATTTGTACCCGAAGAGCCTATTCCACAAGTAGCACCAAATCGCACAGCCGAGGAAAAGTTTCGCAAGGAAAAACCTCCAACGTTTGATGGATTGGGCGAACCTGCGGATGCCGAGAAATGGGTTAGGGCAATAGAACGGATCTTCAACTACATCCGTTGTGACGATGAGGATAAAGTGGCATGCGCAACTTATCAGTT...

lcl|NC_080392.1_cds_XP_057768451.1_31811
ATGGAAGGTGCACCAAGAGGACGTGGTAGAGGGCGCGGACGTGGCCGTGGGCGCGGTAGGGGATTTGTACCCGAAGAGCCTATTCCACAAGTAGCACCAAATCGCACAGCCGAGGAAAAGTTTCGCAAGGAAAAACCTCCAACGTTTGATGGATTGGGCGAACCTGCGGATGCCGAGAAATGGGTTAGGGCAATAGAACGGATCTTCAACTACATCCGTTGTGACGATGAGGATAAAGTGGCATGCGCAACTTATCAGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057768450.1
MEGAPRGRGRGRGRGRGRGRGFVPEEPIPQVAPNRTAEEKFRKEKPPTFDGLGEPADAEKWVRAIERIFNYIRCDDEDKVACATYQLVDEADFWWESVRRTMTDEQWENFTWEEFKAELYEKYIPGCYRQKKQNEFWNLRQKTGTVTEYDRAFNQLSRYAPTLVDSDEKRAEKFRNGLRHEIAISLASQGGLTYAQTLSRALTIESLLPREKGKSPEQFGFVPSQDGSKGKRKWNEGTGGNIGNGKKPWTANQNQNQHQN...

XP_057768451.1
MEGAPRGRGRGRGRGRGRGRGFVPEEPIPQVAPNRTAEEKFRKEKPPTFDGLGEPADAEKWVRAIERIFNYIRCDDEDKVACATYQLVDEADFWWESVRRTMTDEQWENFTWEEFKAELYEKYIPGCYRQKKQNEFWNLRQKTGTVTEYDRAFNQLSRYAPTLVDSDEKRAEKFRNGLRHEIAISLASQGGLTYAQTLSRALTIESLLPREKGKSPEQFGFVPSQDGSKGKRKWNEGTGGNIGNGKKPWTANQNQNQHQN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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