当前解析结果
SmilChr06G001064| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001064 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001064 |
| 描述 | serine/threonine-protein kinase SRK2I-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 10503850 - 10509547 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988589 |
|---|---|
| GeneID | 130988589 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988589 |
| 原始查询 | LOC130988589 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine/threonine-protein kinase SRK2I-like |
| 产物 | serine/threonine-protein kinase SRK2I-like |
| Arabidopsis | AT5G66880 (SNRK2.3)sucrose nonfermenting 1(SNF1)-related protein kinase 2.3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836822] identity=80.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0610900 (SAPK10)- identity=79; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction) |
| KEGG | smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988589 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057768455.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057768455.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057768455.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.80000 | XP_057768455.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768455.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:10504218 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B63,B83,C21,C63 |
Chr6:10504368 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A25 |
Chr6:10504868 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B9,C38 |
Chr6:10505260 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768455.1PF00069
Pkinase 23-279 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 25-276 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768455.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 23 | 279 | 2.5e-73 | 247.4 | Protein kinase domain |
XP_057768455.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 25 | 276 | 6.1e-34 | 118.2 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。