当前解析结果
SmilChr06G001076| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001076 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001076 |
| 描述 | patatin-like protein 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 10659329 - 10661088 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988598 |
|---|---|
| GeneID | 130988598 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988598 |
| 原始查询 | LOC130988598 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | patatin-like protein 2 |
| 产物 | patatin-like protein 2 |
| Arabidopsis | AT2G26560 (PLA2A)phospholipase A 2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817197] identity=54; qcov=0.98; evalue=3.41e-147; confidence=high |
| Rice | Os08g0477100 (OspPLAIIepsilon)- identity=53.6; qcov=0.972; evalue=8.51e-149; confidence=high |
| GO | GO:0004620 (glycerophospholipase activity); GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0047372 (monoacylglycerol lipase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01734 (Patatin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988598 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057768464.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057768464.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768464.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768464.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768464.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:10659647 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr6:10659665 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,D11 |
Chr6:10659828 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B53,C43,C78 |
Chr6:10659880 |
ACC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B115 |
Chr6:10659880 |
ACC |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr6:10659910 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C68 |
Chr6:10659918 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr6:10660158 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B2,C23,C83,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768464.1PF01734
Patatin 14-218 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768464.1 |
Pfam | PF01734 |
Patatin | Domain | 14 | 218 | 8.2e-26 | 92.1 | Patatin-like phospholipase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。