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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001082

染色体: Chr06 坐标: 10790071-10793663 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001082
名称SmilChr06G001082
描述BTB/POZ domain-containing protein At3g50780
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向10790071 - 10793663 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988603
GeneID130988603
locus_tag-
NCBI NameLOC130988603
原始查询LOC130988603

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ domain-containing protein At3g50780
产物BTB/POZ domain-containing protein At3g50780
ArabidopsisAT3G50780 (AT3G50780)
BTB/POZ domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824242]
identity=61.8; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0769400 (OSJNBb0106M04.9)
-
identity=58; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF25553 (BTB-POZ_ANK-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988603

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057768469.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057768469.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057768469.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768469.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768469.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:10791386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr6:10791447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B41,B44,C65
Chr6:10791576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B41,B44,C65
Chr6:10791699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B70,B71,C62
Chr6:10791716 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr6:10792453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C82
Chr6:10792498 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A14,A19,A7,B20,B33,B35,B40,B51,B66,B83,C23,C76,C78,C8
Chr6:10792510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B123,B62
Chr6:10792602 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 72 A11,A15,A18,A21,A24,B10,B101,B102,B105,B107,B112,B120,B124,B126,B127,B129,B130,B131,B14,B18,B27,B28,B30,B40,B44,B45,B46,B49,B55,B57,B59,B66,B70,B77,B80,B81,B82,B85,B88,B9,B93,C12,C13,C14,C2,C22,C24,C27,C29,C31,C33,C34,C37,C40,C42,C43,C47,C49,C51,C55,C58,C62,C67,C68,C69,C7,C73,C76,C79,C86,C9,D4
Chr6:10792645 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr6:10792678 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C49
Chr6:10792678 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768469.1
532 aa
N
1
266
532
BTB-POZ_ANK-like
C
PF25553 BTB-POZ_ANK-like 278-515 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768469.1 Pfam PF25553 BTB-POZ_ANK-like Repeat 278 515 4.1e-58 197.4 BTB/POZ Ankyrin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912486.1
TACCCATTCAAAATAGTATTAGAAAAATATAAGCTCCTATTGTTGATGTAACACATATGGAAAAGAATCACCAAACTTCTGTAGTCTGTGAGACTGATGAGAGAAAATACAAAAAAGCATTGCAAAGGGAGGAGACATGATGATATATATTCAGACCCACAAAAAAGAATTTTTATTCAAATCAAGAAAGCATCCTTCTTGAACTGCAAAGTTACCAAAACAGCCACCCACGCTACAGTAATTAAAGAAATATCCCATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988603
ATGGCTGAAATTAGGCTTCCTAGGTTAGAGCAGGGCCAAGCCAAAATCAAGAGTGTTCCAATTGCTGTAACCCCAGAGGGATTTTGGTGTTGCCCTTCACCCACTGTGTTTCAAAAGACAGTAAGGACTCAAAATCCATTAAACAAGCCCAAACCATCTCACCCCAACCAAACAGCTCCTTCTCAGAAGAGGCAAACCTCGGTGAATGAGAAGAAGGCGAGTTGTGTGGCGTCTGGGGCCAATGTTATTAGTGATGTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768469.1
MAEIRLPRLEQGQAKIKSVPIAVTPEGFWCCPSPTVFQKTVRTQNPLNKPKPSHPNQTAPSQKRQTSVNEKKASCVASGANVISDVQRTQGSDTPAPNASLTNEKAPRSRPENAPRKVTIEFGEPGTSDLKVILFGKQGVAVKLSVHRSVLVEHSSFFASKVSGQQLVFPCLEIDNCEDAEIYVETIGLMYCRDLKQRLIKQSVSRVLRILKVSEQIGYTTCIQYCLEYLEAVPWVGQEEEEKVVSLVSRLEGEGIGVKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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