当前解析结果
SmilChr06G001093| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001093 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001093 |
| 描述 | tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 10936772 - 10939171 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988614 |
|---|---|
| GeneID | 130988614 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988614 |
| 原始查询 | LOC130988614 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase |
| 产物 | tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase |
| Arabidopsis | AT5G24840 (AT5G24840)tRNA (guanine-N-7) methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832553] identity=80.5; qcov=0.945; evalue=7.13e-143; confidence=high |
| Rice | Os06g0236900- identity=77.5; qcov=0.314; evalue=2.01e-40; confidence=low |
| GO | GO:0008176 (tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity); GO:0030488 (tRNA methylation); GO:0036265 (RNA (guanine-N7)-methylation); GO:0043527 (tRNA methyltransferase complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02390 (Methyltransf_4) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988614 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057768486.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057768486.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057768486.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768486.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768486.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:10938227 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B64,C43,C6 |
Chr6:10938420 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768486.1PF02390
Methyltransf_4 68-243 aa
XP_057768487.1PF02390
Methyltransf_4 68-243 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768486.1 |
Pfam | PF02390 |
Methyltransf_4 | Family | 68 | 243 | 3.5e-50 | 170.6 | Putative methyltransferase |
XP_057768487.1 |
Pfam | PF02390 |
Methyltransf_4 | Family | 68 | 243 | 3.5e-50 | 170.6 | Putative methyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。