当前解析结果
SmilChr06G001094| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001094 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001094 |
| 描述 | probable glycosyltransferase At5g25310 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 10941141 - 10948633 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988615 |
|---|---|
| GeneID | 130988615 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988615 |
| 原始查询 | LOC130988615 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable glycosyltransferase At5g25310 |
| 产物 | probable glycosyltransferase At5g25310 |
| Arabidopsis | AT4G16745 (AT4G16745)Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827378] identity=57.7; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0640600- identity=68; qcov=0.72; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03016 (Exostosin_GT47) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988615 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057768488.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768488.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768488.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768488.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057768488.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:10941741 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr6:10941813 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr6:10941998 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B9,C38 |
Chr6:10942033 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:10944940 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B41,B44,D2,D6 |
Chr6:10945013 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr6:10945026 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr6:10946876 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr6:10947081 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C11,C5,C69 |
Chr6:10947111 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768488.1PF03016
Exostosin_GT47 195-478 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768488.1 |
Pfam | PF03016 |
Exostosin_GT47 | Domain | 195 | 478 | 5.9e-64 | 216.9 | Exostosin GT47 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。