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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001094

染色体: Chr06 坐标: 10941141-10948633 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001094
名称SmilChr06G001094
描述probable glycosyltransferase At5g25310
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向10941141 - 10948633 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988615
GeneID130988615
locus_tag-
NCBI NameLOC130988615
原始查询LOC130988615

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable glycosyltransferase At5g25310
产物probable glycosyltransferase At5g25310
ArabidopsisAT4G16745 (AT4G16745)
Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827378]
identity=57.7; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0640600
-
identity=68; qcov=0.72; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03016 (Exostosin_GT47)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988615

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057768488.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768488.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768488.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768488.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768488.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:10941741 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr6:10941813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr6:10941998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B9,C38
Chr6:10942033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:10944940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B44,D2,D6
Chr6:10945013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr6:10945026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr6:10946876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr6:10947081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C5,C69
Chr6:10947111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768488.1
533 aa
N
1
266
533
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 195-478 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768488.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 195 478 5.9e-64 216.9 Exostosin GT47 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912505.1
GTGTCATTAGTGTCGCTATTTTCTCTCCACCTTTTCTTCTTTCCTTTTCCATTTCTTTCGCTTTTCCCTATTTTCTGTCCTTCAAATTTTCTTGCCCTTTATTTTCAATCTAGTGTCGTCCCACCTGCTTCTGATCTCTAGTGTCTTAATTATCAGCTTAGGAGTTGAGGGGGCCTAGAAGAGTTTCGAATCTTAAGTCGTCGCTTCTGCAATGATTCACTGATAATATTGAAGGAAATGCTAAGAAGCTTTTGCATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988615
ATGACTAAACTTCTACGTGTGTGCATAGTCTTTCTGCTGTTCAGAATTGACTGGAGAAAATTGATTGTTTTCTGTTCAGTTCTTACCGTAGTTAGTGTTTTGATGCAGATTTCTAAACTTCCATATCCACTAACTGAAAAAATATCCCCTCCAAACTCTGAAATTGCATCATATAATCGCAATCCCATGAATACAACAGTAAATTTGGATAAAAGTTGGTCATTGGCAGTGGATGTGCAGCTCAAATCTGTTCGAGATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768488.1
MTKLLRVCIVFLLFRIDWRKLIVFCSVLTVVSVLMQISKLPYPLTEKISPPNSEIASYNRNPMNTTVNLDKSWSLAVDVQLKSVRDAPAIVPLNSSSKLDRLLVIPNKTVRASQRRRNNSVNLFTLSPPSPTQTVKKLPRQLERYLSSLTPDETLAFVKRDIENSSLASDDDPELYAPLFRNISTFKRSYEWMEQLLKVYIYRDGKPPIFHHPKLSGIYSSEGWFMKLMEASRQFVTKDPEKAHLFYLPYSARQLQLALY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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