Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002963`

染色体: Chr01 坐标: 48521423-48522126 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002963`
名称	SmilChr01G002963
描述	uncharacterized SmilChr01G002963
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	48521423 - 48522126 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988621`
GeneID	`130988621`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988621`
原始查询	`LOC130988621`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0695700; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os02g0695700; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G65032` (AT1G65032) COMPLEX 1 LYR-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240339] identity=64.4; qcov=0.946; evalue=3.25e-36; confidence=medium
Rice	`Os02g0695700` - identity=68.5; qcov=0.967; evalue=5.08e-37; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF23655 (LYRM_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988621

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057768493.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057768493.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768493.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768493.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768493.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:48521823`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B47,C43,C56
`Chr1:48521832`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B6,B85,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768493.1

92 aa

LYRM_2

PF23655 LYRM_2 12-81 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768493.1`	Pfam	`PF23655`	LYRM_2	Domain	12	81	1.4e-38	131.2	LYR motif containing domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912510.1
AATTGTACTTACTATTCAAGTTGGGCATTTTCATTTTCATTTTGTATCGATGAGCTTTTCTCATTAACAAAAACTGCCTACAATCCTAAAGCCACTTTCCAAGATCAACTGAAAGGCGTGGCGATTCAAGTTCAGCCATCCAATTGCCACTGCGAGAAAAATGGCAAAAGGTTTGATATGGGCTACTGCGGAGGATTTGGCGCGGAACAGAGGGCGGGTTTTGTCGTTGTACCGGCAGATACTGAGGAGCCTGAATTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988621
ATGGCAAAAGGTTTGATATGGGCTACTGCGGAGGATTTGGCGCGGAACAGAGGGCGGGTTTTGTCGTTGTACCGGCAGATACTGAGGAGCCTGAATTCACCCGATCTGCCGTTCAACTTCGCGGCGCGGCTGGCCAAGAAAGCGGAGGCTCGCGCCATCTTTGTGGTGGCCGCGGAAGAGCGGTCCATCCACAACATCGAGGACCTCATCGGCACCGGCGAGTACGCTCTCTCTCTTCTTAAGAAAGGCCAACTTCCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768493.1
MAKGLIWATAEDLARNRGRVLSLYRQILRSLNSPDLPFNFAARLAKKAEARAIFVVAAEERSIHNIEDLIGTGEYALSLLKKGQLPKYSLST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器