Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001111

染色体: Chr06 坐标: 11220750-11221893 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001111
名称SmilChr06G001111
描述MYB-like transcription factor EOBII
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向11220750 - 11221893 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988634
GeneID130988634
locus_tag-
NCBI NameLOC130988634
原始查询LOC130988634

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MYB-like transcription factor EOBII
产物MYB-like transcription factor EOBII
ArabidopsisAT3G30210 (MYB121)
myb domain protein 121 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822714]
identity=54.4; qcov=0.94; evalue=6.52e-62; confidence=high
RiceOs02g0618400 (OsMPS)
-
identity=69.9; qcov=0.613; evalue=2.89e-63; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988634

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768512.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768512.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768512.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768512.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768512.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768512.1
217 aa
N
1
108
217
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 12-59 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 15-73 aa PF00249 Myb_DNA-binding 66-109 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 69-112 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768512.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 12 59 8e-36 122.6 Myb-like DNA-binding domain
XP_057768512.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 15 73 1.1e-23 83.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057768512.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 66 109 8e-36 122.6 Myb-like DNA-binding domain
XP_057768512.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 69 112 1.1e-23 83.9 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912529.1
GGCTTCAAAAGCAGACTCTACATGCATGTATCCGTGGAGCAGTGTGTGTATATATATAAGTGAAGGTTATGTCCAGTTGTCTGCCATAGAAACTTCCGACAAACAGTGATAGAATTATAATTAATTGAGTGGTGAATAAATGGAGCAAGGTGCAGCAGCAGGTTGGTGGCGAAAAGGGCCTTGGACTCCTCAAGAAGATGAGCTGCTCTTTCAGTATATCTCTCAGAATGGTGAAGGCAGATGGAGCTCTGTCTCTAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988634
ATGGAGCAAGGTGCAGCAGCAGGTTGGTGGCGAAAAGGGCCTTGGACTCCTCAAGAAGATGAGCTGCTCTTTCAGTATATCTCTCAGAATGGTGAAGGCAGATGGAGCTCTGTCTCTAAGTGCACAGGTTTGAAAAGAAGTGGGAAGAGCTGCAGGCTGAGGTGGGTGAATTACTTGAGGCCTGACCTTAAAAAAGGACAATTAACACCTCAGGAAGAAGGCATCATTATCGAACTTCATGCCCTGTGGGGTAACAAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768512.1
MEQGAAAGWWRKGPWTPQEDELLFQYISQNGEGRWSSVSKCTGLKRSGKSCRLRWVNYLRPDLKKGQLTPQEEGIIIELHALWGNKWSTIARYLPGRTDNEIKNYWRTHFKTRSPSTHLKKRKILNQQQAHRRPNNVTITEPSHSHDKEMAFSSIIDINHQSASSFDDFVAPFEMDCYLWNLDDDHHLPNIMPHEYYHPFEGDAAVDYYVQTAEVLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器