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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001139`

染色体: Chr06 坐标: 11425118-11426825 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001139`
名称	SmilChr06G001139
描述	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	11425118 - 11426825 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988658`
GeneID	`130988658`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988658`
原始查询	`LOC130988658`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2-like
产物	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2-like
Arabidopsis	`AT3G02380` (COL2) CONSTANS-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821298] identity=49.4; qcov=1.14; evalue=4.54e-97; confidence=high
Rice	`Os02g0610500` (OsCOL4) - identity=43.5; qcov=1.1; evalue=5.07e-59; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009909 (regulation of flower development)
KEGG	smil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00643 (zf-B_box); PF06203 (CCT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988658

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768544.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768544.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768544.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768544.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057768544.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:11425335`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	137	A15,A16,A18,A19,A2,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A6,A7,A8,B101,B104,B109,B11,B112,B117,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B130,B132,B135,B137,B138,B14,B140,B17,B18,B2,B27,B29,B3,B30,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B48,B51,B52,B56,B57,B61,B63,B65,B66,B69,B7,B70,B71,B73,B76,B77,B79,B80,B84,B87,B89,B9,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C11,C12,C14,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C22,C24,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C37,C38,C39,C40,C41,C44,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C62,C63,C64,C65,C68,C69,C70,C74,C75,C76,C77,C8,C80,C83,C87,D2,D4,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr6:11425348`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	85	A1,A13,A14,A18,A20,A7,A9,B10,B106,B107,B111,B117,B118,B12,B120,B121,B122,B123,B126,B128,B129,B13,B131,B134,B135,B14,B15,B19,B2,B21,B22,B25,B27,B29,B32,B41,B44,B47,B5,B51,B54,B55,B56,B57,B59,B6,B61,B68,B74,B85,B88,B9,B90,B92,B96,C1,C11,C12,C13,C15,C19,C2,C24,C25,C31,C36,C4,C41,C45,C49,C50,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C67,C69,C73,C75,C84,C9,D7,D9
`Chr6:11425380`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B9
`Chr6:11425453`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr6:11425565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C42
`Chr6:11425620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:11425657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C66
`Chr6:11425712`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:11425753`	`ACG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	121	A16,A18,A2,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A6,A7,B1,B104,B109,B11,B111,B112,B114,B117,B119,B123,B124,B125,B127,B130,B132,B137,B138,B17,B2,B23,B27,B28,B29,B3,B30,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B48,B51,B56,B57,B61,B63,B65,B66,B69,B7,B72,B73,B76,B77,B79,B84,B87,B89,B93,B95,B96,B97,B98,C1,C14,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C22,C24,C27,C28,C29,C3,C31,C32,C33,C37,C38,C39,C40,C41,C44,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C61,C63,C64,C65,C66,C68,C72,C74,C75,C76,C8,C80,C83,C87,D2,D3,D5,D6,D7,D9
`Chr6:11425819`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,C29,C54
`Chr6:11426456`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	B106,B17,B24,B53,C13,C8,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768544.1

389 aa

194

389

zf-B_box

CCT

PF00643 zf-B_box 122-168 aa PF06203 CCT 324-366 aa

XP_057768545.1

313 aa

156

313

zf-B_box

CCT

PF00643 zf-B_box 56-102 aa PF06203 CCT 248-290 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768544.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	122	168	8.7e-12	45.7	B-box zinc finger
`XP_057768544.1`	Pfam	`PF06203`	CCT	Motif	324	366	7.7e-18	65.0	CCT motif
`XP_057768545.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	56	102	5.8e-12	46.3	B-box zinc finger
`XP_057768545.1`	Pfam	`PF06203`	CCT	Motif	248	290	6.1e-18	65.3	CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912561.1
TTGAAAATATATTTTAGGTTGCACATGGCTGTGTTGGTGCTGTACAAATCAAACTACCTCCCCCAGTCTGGTAAGCCACATCAGCAAACATCTCACTCTGATGGTGGGACCCACCTCGACGAATCATAGCCACGAAAATACTAAACAACTTTTTTCTCACCCACTAACTCCCTACCACGTGGACTCTCCCAGCTCTCACTCGCCACCATTACTTGACTCCCCCTCTCTCAACTCTCACACCATAACAGAGCAATCCAAAA...

XM_057912562.1
TCCCAGCTCTCACTCGCCACCATTACTTGACTCCCCCTCTCTCAACTCTCACACCATAACAGAGCAATCCAAAAAACTAAAGAAAAAGAAAGCAGAGCAATCAAAAACTCTGATGCTCAAGTTCGAAACGGAAGCCGGCGGCGACGCCACCAACACCTGGGGCCGCACCTGCGACGCCTGCCGCTCCGCCGCCTCCGCCGTCTACTGCCGGGCGGACGAGGCCTACCTCTGCGCCGCATGCGACGCTCGCATCCACCACG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988658
ATGGTGGGACCCACCTCGACGAATCATAGCCACGAAAATACTAAACAACTTTTTTCTCACCCACTAACTCCCTACCACGTGGACTCTCCCAGCTCTCACTCGCCACCATTACTTGACTCCCCCTCTCTCAACTCTCACACCATAACAGAGCAATCCAAAAAACTAAAGAAAAAGAAAGCAGAGCAATCAAAAACTCTGATGCTCAAGTTCGAAACGGAAGCCGGCGGCGACGCCACCAACACCTGGGGCCGCACCTGCGA...

LOC130988658
ATGCTCAAGTTCGAAACGGAAGCCGGCGGCGACGCCACCAACACCTGGGGCCGCACCTGCGACGCCTGCCGCTCCGCCGCCTCCGCCGTCTACTGCCGGGCGGACGAGGCCTACCTCTGCGCCGCATGCGACGCTCGCATCCACCACGCGGCCTCGCTCCACGAGCGCGTGTGGGTGTGCGAGTCCTGCGAGAGGGCCCCGGCGGCGCTCCTCTGCAAGGCCGACTCGGCCTCCCTCTGCGCCGCCTGCGACGCCGACAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057768544.1
MVGPTSTNHSHENTKQLFSHPLTPYHVDSPSSHSPPLLDSPSLNSHTITEQSKKLKKKKAEQSKTLMLKFETEAGGDATNTWGRTCDACRSAASAVYCRADEAYLCAACDARIHHAASLHERVWVCESCERAPAALLCKADSASLCAACDADIHSANPLSRRHHRVPVQPIPYGPEGDDDEDEAASWLLLNPIKNGEEARPPPFVGELDEYLDLNLDEFSELSEGYSYSEQQDVYGVSQSSYGGGDSIVPVDYQKGKNHH...

XP_057768545.1
MLKFETEAGGDATNTWGRTCDACRSAASAVYCRADEAYLCAACDARIHHAASLHERVWVCESCERAPAALLCKADSASLCAACDADIHSANPLSRRHHRVPVQPIPYGPEGDDDEDEAASWLLLNPIKNGEEARPPPFVGELDEYLDLNLDEFSELSEGYSYSEQQDVYDSIVPVDYQKGKNHHCFPLGLEAGYTYPASMSHSVSISSTDMGIVPESRNEASVSHTQTRPPKGSIDLFSATQLSQMEREARVMRYREKKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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