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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002970

染色体: Chr01 坐标: 48613763-48615891 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002970
名称SmilChr01G002970
描述protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 51-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向48613763 - 48615891 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988660
GeneID130988660
locus_tag-
NCBI NameLOC130988660
原始查询LOC130988660

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 51-like
产物protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 51-like
ArabidopsisAT5G20810 (AT5G20810)
SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832204]
identity=35.5; qcov=0.852; evalue=2.36e-24; confidence=medium
RiceOs02g0143400 (OsSAUR5)
-
identity=41.6; qcov=0.698; evalue=1.12e-22; confidence=medium
GOGO:0009733 (response to auxin)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02519 (Auxin_inducible)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988660

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057768553.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057768553.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057768553.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768553.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768553.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:48614153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B123,B55,B62,D9
Chr1:48614159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C61,C78
Chr1:48614204 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C65
Chr1:48614309 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,C11,C69
Chr1:48614372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C36,C56
Chr1:48614402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:48614518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768553.1
162 aa
N
1
81
162
Auxin_inducible
C
PF02519 Auxin_inducible 16-118 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768553.1 Pfam PF02519 Auxin_inducible Domain 16 118 1.4e-24 86.8 Auxin responsive protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912570.1
TATCTCAAATTCTTCATAATTATTTAATCCACAATAATAATACTATTATTATTTTAAAAAGGGAAAAGGGAGGGGCAGGGAATAAGGGATATCATAGTAAATTCAAGGCAGGGCTAGTTTAGTCATTTGATAACTGTATCATCACAACTTAATTTAGGACTCTTCCACTGCAACTCTTCTTCCCCTCTTCACTTCTCATCGATTCTCTTTCTCTCTCTAAAACTCAAATATTATACCAATCGTGAAAATGGCCGCAGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988660
ATGGCCGCAGCGATAAAAAAGGTGAACATGATCACCCAAATCGTGCGGCTAAGACAGGTTGTGCAGCGCTGGAAAACCAAGAGCCTCTCGCGCCACTCCCTCTCGTCGTCCTCCTCCGATTCGGACGAATCCGGCGGCAGCCCCAAGTGCCGGACCCCTTCCGGCTCGCTGGCCGTCTACGTCGGACCGGAGCGCAGCCGTTTCGTCATCCCGACGCGGTTCCTCAATTTCCCGGTTTTCGTCACCCTCCTAGACCAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768553.1
MAAAIKKVNMITQIVRLRQVVQRWKTKSLSRHSLSSSSSDSDESGGSPKCRTPSGSLAVYVGPERSRFVIPTRFLNFPVFVTLLDQAEEEFGFQTTGGLVLPCEPGFFSEILSFLDDDEERFRGLSLDEFINIVTDVSSDHLSCKESSSSFAFAPLLHKTRV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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