Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001160`

染色体: Chr06 坐标: 11782800-11785184 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001160`
名称	SmilChr06G001160
描述	uncharacterized SmilChr06G001160
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	11782800 - 11785184 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988681`
GeneID	`130988681`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988681`
原始查询	`LOC130988681`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Alpha-L RNA-binding motif/Ribosomal protein S4 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831431]; symbol=AT5G15750; hit=AT5G15750; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Alpha-L RNA-binding motif/Ribosomal protein S4 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831431]; symbol=AT5G15750; hit=AT5G15750; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G15750` (AT5G15750) Alpha-L RNA-binding motif/Ribosomal protein S4 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831431] identity=80.7; qcov=0.995; evalue=1.06e-109; confidence=high
Rice	`Os04g0662100` - identity=67.6; qcov=0.203; evalue=5.64e-10; confidence=weak
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0006364 (rRNA processing); GO:0015935 (small ribosomal subunit); GO:0019843 (rRNA binding); GO:0030515 (snoRNA binding); GO:0032040 (small-subunit processome); GO:0034457 (Mpp10 complex)
KEGG	smil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00163 (Ribosomal_S4); PF01479 (S4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988681

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768573.1`
2	Nucleolus	核仁	1.00000	`XP_057768573.1`
3	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.40000	`XP_057768573.1`
4	Nucleolus rim	Nucleolus rim	0.20000	`XP_057768573.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768573.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:11783172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B17,B53
`Chr6:11784910`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768573.1

182 aa

182

Ribosomal_S4

PF00163 Ribosomal_S4 3-92 aa PF01479 S4 107-153 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768573.1`	Pfam	`PF00163`	Ribosomal_S4	Family	3	92	8.1e-16	59.2	Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain
`XP_057768573.1`	Pfam	`PF01479`	S4	Domain	107	153	4.9e-10	39.7	S4 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912590.1
ATGTTAGGGCCCATCTTATATCAGCCCAAACTATAATCCCTCACGCAGACGTTTAACTACGAAAATCACAAATTCCCAATTTCTAGGGTTTTAGTCTGGGGTTTACCTTTGCGTATCTATACTTGCATACTCATTGCTCCATTAGAAGATGAGGAAGCTGAAGTTTCACGAGAAGAAACTGCTAAAAAAGGTTAACTTTTTGGAATGGAAGAGAGAAGGTGGGCAGAGGGAAAACCTCGTAATGCATCGGTATCACGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988681
ATGAGGAAGCTGAAGTTTCACGAGAAGAAACTGCTAAAAAAGGTTAACTTTTTGGAATGGAAGAGAGAAGGTGGGCAGAGGGAAAACCTCGTAATGCATCGGTATCACGTCACAGGCAGAGACGATTACAAAAAGTATTCGCGTTTGTGTAGAACGGTGCAGAAGCTGGTCAGCATACTAAAACAGATGGATGCACGAGATCCTTATCGAATTGAGATGACTGATAACCTTCTTCAAAAGCTGTACAACATGGGCGTTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768573.1
MRKLKFHEKKLLKKVNFLEWKREGGQRENLVMHRYHVTGRDDYKKYSRLCRTVQKLVSILKQMDARDPYRIEMTDNLLQKLYNMGVIPSRKSLALCERLSVSSFCRRRLATVLVRLKFAEHLKEAVTYIEQGHIRVGPDTITDPAFLVTRNMEDFITWVDTSKIRRKVLEYNDKLDDYDAMN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器