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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002974

染色体: Chr01 坐标: 48677144-48683368 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002974
名称SmilChr01G002974
描述ethanolamine-phosphate cytidylyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向48677144 - 48683368 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988690
GeneID130988690
locus_tag-
NCBI NameLOC130988690
原始查询LOC130988690

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethanolamine-phosphate cytidylyltransferase-like
产物ethanolamine-phosphate cytidylyltransferase-like
ArabidopsisAT2G38670 (PECT1)
phosphorylethanolamine cytidylyltransferase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818449]
identity=70.5; qcov=0.862; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0224800
-
identity=68.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004306 (ethanolamine-phosphate cytidylyltransferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006646 (phosphatidylethanolamine biosynthetic process)
KEGGsmil00440 (Phosphonate and phosphinate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01467 (CTP_transf_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988690

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 1.00000 XP_057768615.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057768615.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057768590.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768590.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768590.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:48677933 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B78,D7
Chr1:48677933 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 2 B78,D7
Chr1:48677940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:48678065 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr1:48678104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,B46
Chr1:48679178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr1:48679184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:48679229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,B85
Chr1:48680539 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B35,C73
Chr1:48680539 AC A 1bp_deletion CDS_variant 2 B35,C73
Chr1:48681773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768590.1
433 aa
N
1
216
433
CTP_transf_like
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 68-197 aa PF01467 CTP_transf_like 266-360 aa
XP_057768597.1
433 aa
N
1
216
433
CTP_transf_like
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 68-197 aa PF01467 CTP_transf_like 266-360 aa
XP_057768604.1
433 aa
N
1
216
433
CTP_transf_like
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 68-197 aa PF01467 CTP_transf_like 266-360 aa
XP_057768612.1
433 aa
N
1
216
433
CTP_transf_like
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 68-197 aa PF01467 CTP_transf_like 266-360 aa
XP_057768615.1
429 aa
N
1
214
429
CTP_transf_like
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 68-197 aa PF01467 CTP_transf_like 266-360 aa
XP_057768624.1
429 aa
N
1
214
429
CTP_transf_like
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 68-197 aa PF01467 CTP_transf_like 266-360 aa
XP_057768630.1
429 aa
N
1
214
429
CTP_transf_like
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 68-197 aa PF01467 CTP_transf_like 266-360 aa
XP_057768635.1
429 aa
N
1
214
429
CTP_transf_like
CTP_transf_like
C
PF01467 CTP_transf_like 68-197 aa PF01467 CTP_transf_like 266-360 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768590.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 68 197 1.6e-45 155.3 Cytidylyltransferase-like
XP_057768590.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 266 360 1.6e-45 155.3 Cytidylyltransferase-like
XP_057768597.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 68 197 1.6e-45 155.3 Cytidylyltransferase-like
XP_057768597.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 266 360 1.6e-45 155.3 Cytidylyltransferase-like
XP_057768604.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 68 197 1.6e-45 155.3 Cytidylyltransferase-like
XP_057768604.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 266 360 1.6e-45 155.3 Cytidylyltransferase-like
XP_057768612.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 68 197 1.6e-45 155.3 Cytidylyltransferase-like
XP_057768612.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 266 360 1.6e-45 155.3 Cytidylyltransferase-like
XP_057768615.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 68 197 1.5e-45 155.4 Cytidylyltransferase-like
XP_057768615.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 266 360 1.5e-45 155.4 Cytidylyltransferase-like
XP_057768624.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 68 197 1.5e-45 155.4 Cytidylyltransferase-like
XP_057768624.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 266 360 1.5e-45 155.4 Cytidylyltransferase-like
XP_057768630.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 68 197 1.5e-45 155.4 Cytidylyltransferase-like
XP_057768630.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 266 360 1.5e-45 155.4 Cytidylyltransferase-like
XP_057768635.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 68 197 1.5e-45 155.4 Cytidylyltransferase-like
XP_057768635.1 Pfam PF01467 CTP_transf_like Domain 266 360 1.5e-45 155.4 Cytidylyltransferase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912652.1
TGGGGTAAGTCAAATTAAACAATTAATTGATTTCTCATCTCATAGCGAAGCCGTAGTTGTGAATAGAAAATTTGAAATGCAATCAAACAGATCGCAGGCAGCGTACCCACCTGTCTTCTCTTAGAGATTAAGAGAAGAAATTATTCATTTAAGAGCGACGACCGAATCCCATTCAGCTCAAATTCTGTGGTCACCATGGAAATTTGAAGATATTTAAGCTTTTTTCTCTTCCCATAAATCACCACTTATTCTGAGATTCC...
XM_057912621.1
TGGGGTAAGTCAAATTAAACAATTAATTGATTTCTCATCTCATAGCGAAGCCGTAGTTGTGAATAGAAAATTTGAAATGCAATCAAACAGATCGCAGGCAGCGTACCCACCTGTCTTCTCTTAGAGATTAAGAGAAGAAATTATTCATTTAAGAGCGACGACCGAATCCCATTCAGCTCAAATTCTGTGGTCACCATGGAAATTTGAAGATATTTAAGCTTTTTTCTCTTCCCATAAATCACCACTTATTCTGAGATTCC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130988690
ATGGAATTCGAGAGCAGCAGTTGGATAAAAGATGGGGTTTGCTTCTACCCCCATCTCTTTGGTGGTATTATGATCACTTGTGCGCTGCTCAGTTTCTCAACAAGTTACTTTGGTATGATTGGTGTTCCACCTATGCCTCACCTTTTCCCCGACTTGAGGGTTTTCCACAAGAAAAAATCCTCAAAGAAACGTGTTCGCGTATATATGGATGGTTGTTTTGATCTGATGCACTACGGTCATGCCAACGCACTGAGACAAGC...
LOC130988690
ATGGAATTCGAGAGCAGCAGTTGGATAAAAGATGGGGTTTGCTTCTACCCCCATCTCTTTGGTGGTATTATGATCACTTGTGCGCTGCTCAGTTTCTCAACAAGTTACTTTGGTATGATTGGTGTTCCACCTATGCCTCACCTTTTCCCCGACTTGAGGGTTTTCCACAAGAAAAAATCCTCAAAGAAACGTGTTCGCGTATATATGGATGGTTGTTTTGATCTGATGCACTACGGTCATGCCAACGCACTGAGACAAGC...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057768590.1
MEFESSSWIKDGVCFYPHLFGGIMITCALLSFSTSYFGMIGVPPMPHLFPDLRVFHKKKSSKKRVRVYMDGCFDLMHYGHANALRQAKALGDELVVGVVSDEEIIANKGPPVLSMEERLALVSGLKWVDEVIPNAPYEITEEFMHRLFKEHKIDYIIHGDDPCLLPDGTDAYALAKKAGRYKQIKRTEGVSSTDIVGRILSWVKDANVDKLCSESSQANESENLNSNTVNKVQAKGVQVSSFLPTSRRIVQFSNGKGPGP...
XP_057768597.1
MEFESSSWIKDGVCFYPHLFGGIMITCALLSFSTSYFGMIGVPPMPHLFPDLRVFHKKKSSKKRVRVYMDGCFDLMHYGHANALRQAKALGDELVVGVVSDEEIIANKGPPVLSMEERLALVSGLKWVDEVIPNAPYEITEEFMHRLFKEHKIDYIIHGDDPCLLPDGTDAYALAKKAGRYKQIKRTEGVSSTDIVGRILSWVKDANVDKLCSESSQANESENLNSNTVNKVQAKGVQVSSFLPTSRRIVQFSNGKGPGP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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