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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001176

染色体: Chr06 坐标: 11966853-11968042 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001176
名称SmilChr06G001176
描述protein SPIRAL1-like 3
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向11966853 - 11968042 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988696
GeneID130988696
locus_tag-
NCBI NameLOC130988696
原始查询LOC130988696

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SPIRAL1-like 3
产物protein SPIRAL1-like 3
ArabidopsisAT1G26355 (SP1L1)
SPIRAL1-like1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240366]
identity=57.4; qcov=1.05; evalue=9.76e-33; confidence=medium
RiceOs12g0502000
-
identity=52.9; qcov=0.845; evalue=8.35e-23; confidence=medium
GOGO:0010005 (cortical microtubule, transverse to long axis); GO:0043622 (cortical microtubule organization)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988696

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057768592.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057768592.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057768592.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768592.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768592.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:11967071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr6:11967075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:11967203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B64,C43,C6,C87
Chr6:11967208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr6:11967214 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B139,B8,B82,B89,C10
Chr6:11967214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B139,B8,B82,B89,C10
Chr6:11967218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:11967337 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr6:11967344 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912609.1
TTCAATATATTGTAGTTGGTTCAATTGTAAGTTTGAGAATGAAAACAAGGAAAAGACTCCCCATTTAAAGTAGCATTAACCACCTTAAACGCTCCATTTCAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAACGAACTGCATTCCATCGGTGAAAATTGAGATCGAGAATGGGTCGCGGCGTGAGTGCTGGCGGAGGCCAGAGTTCTTTAGGCTATCTTTTTGGCGGAGGAGAGGCGGCGGCACCACCTCCAACTACCGAACCTGA...
XM_057912610.1
TCAATTGTAAGTTTGAGAATGAAAACAAGGAAAAGACTCCCCATTTAAAGTAGCATTAACCACCTTAAACGCTCCATTTCAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAACGAACTGCATTCCATCGGTGAAAATTGGCAAAGATCGAGAATGGGTCGCGGCGTGAGTGCTGGCGGAGGCCAGAGTTCTTTAGGCTATCTTTTTGGCGGAGGAGAGGCGGCGGCACCACCTCCAACTACCGAACCTGAATATGCTGCTGCAGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130988696
ATGGGTCGCGGCGTGAGTGCTGGCGGAGGCCAGAGTTCTTTAGGCTATCTTTTTGGCGGAGGAGAGGCGGCGGCACCACCTCCAACTACCGAACCTGAATATGCTGCTGCAGATGCTGATAAAAATAAATTAGAGACTCATCCAACTGCAACTGCAACCACAACCACCACCAATTCTGCCACAAACAATTACCATCGATCGGATGGCCAAAACTGCGGCAATTTCATAACGGATCGACCATCCACCAAGGTCCACGCTGA...
LOC130988696
ATGGGTCGCGGCGTGAGTGCTGGCGGAGGCCAGAGTTCTTTAGGCTATCTTTTTGGCGGAGGAGAGGCGGCGGCACCACCTCCAACTACCGAACCTGAATATGCTGCTGCAGATGCTGATAAAAATAAATTAGAGACTCATCCAACTGCAACTGCAACCACAACCACCACCAATTCTGCCACAAACAATTACCATCGATCGGATGGCCAAAACTGCGGCAATTTCATAACGGATCGACCATCCACCAAGGTCCACGCTGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057768592.1
MGRGVSAGGGQSSLGYLFGGGEAAAPPPTTEPEYAAADADKNKLETHPTATATTTTTNSATNNYHRSDGQNCGNFITDRPSTKVHAEPGGGSSLNYLFGDAKK
XP_057768593.1
MGRGVSAGGGQSSLGYLFGGGEAAAPPPTTEPEYAAADADKNKLETHPTATATTTTTNSATNNYHRSDGQNCGNFITDRPSTKVHAEPGGGSSLNYLFGDAKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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