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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001190

染色体: Chr06 坐标: 12117309-12118251 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001190
名称SmilChr06G001190
描述rop guanine nucleotide exchange factor 7-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向12117309 - 12118251 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988708
GeneID130988708
locus_tag-
NCBI NameLOC130988708
原始查询LOC130988708

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述rop guanine nucleotide exchange factor 7-like
产物rop guanine nucleotide exchange factor 7-like
ArabidopsisAT5G02010 (ROPGEF7)
RHO guanyl-nucleotide exchange factor 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831858]
identity=74.4; qcov=1; evalue=1.53e-34; confidence=medium
RiceOs01g0849100 (OsRacGEF1)
-
identity=72; qcov=1; evalue=2.72e-34; confidence=medium
GOGO:0005085 (guanyl-nucleotide exchange factor activity)
KEGG-
PfamPF03759 (PRONE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988708

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057768614.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057768614.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057768614.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057768614.1
5 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057768614.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768614.1
82 aa
N
1
41
82
PRONE
C
PF03759 PRONE 1-81 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768614.1 Pfam PF03759 PRONE Family 1 81 9e-36 124.2 PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912631.1
CAGTTGAAGATCATCATGCTAAATGGTTAAGGATTTTGTTAGTGATGCAGATAGACGTGAGGTGCTGGCTGGGAGGGCTGAGAGCCTTCTCATCTGCTTGAAACTGAGGTTCTCTGGCCTGCCTCAAACCACACTAGACATATGCAAGATCCAATGCAACAAGGATGTGGGAAAATCTATATTGGAGAGCTATTCAAGAGTTCTTGAGAGCCTAGCATTCAACATTGTGGCACGTATAGATGATCTTATGTCTGTGGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988708
ATGGTTAAGGATTTTGTTAGTGATGCAGATAGACGTGAGGTGCTGGCTGGGAGGGCTGAGAGCCTTCTCATCTGCTTGAAACTGAGGTTCTCTGGCCTGCCTCAAACCACACTAGACATATGCAAGATCCAATGCAACAAGGATGTGGGAAAATCTATATTGGAGAGCTATTCAAGAGTTCTTGAGAGCCTAGCATTCAACATTGTGGCACGTATAGATGATCTTATGTCTGTGGACGACTTGTCTTAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768614.1
MVKDFVSDADRREVLAGRAESLLICLKLRFSGLPQTTLDICKIQCNKDVGKSILESYSRVLESLAFNIVARIDDLMSVDDLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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