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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001195`

染色体: Chr06 坐标: 12224448-12229635 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001195`
名称	SmilChr06G001195
描述	ribosome biogenesis protein WDR12 homolog
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	12224448 - 12229635 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988712`
GeneID	`130988712`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988712`
原始查询	`LOC130988712`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ribosome biogenesis protein WDR12 homolog
产物	ribosome biogenesis protein WDR12 homolog
Arabidopsis	`AT5G15550` (AT5G15550) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831408] identity=66.8; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0600400` (OsWD40-147) - identity=63.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0030687 (preribosome, large subunit precursor); GO:0042254 (ribosome biogenesis)
KEGG	-
Pfam	PF00400 (WD40); PF08154 (NLE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988712

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768622.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057768622.1`
3	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057768623.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768622.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:12225066`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr6:12225499`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B63
`Chr6:12225499`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B63
`Chr6:12225501`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B63
`Chr6:12225501`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B63
`Chr6:12226463`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B4,B67,B68,B69,B91
`Chr6:12226543`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr6:12226567`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr6:12226879`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B67
`Chr6:12226879`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B67
`Chr6:12227274`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,C83
`Chr6:12227906`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,C37,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768622.1

440 aa

220

440

NLE

WD40

PF08154 NLE 14-81 aa PF00400 WD40 147-189 aa PF00400 WD40 205-241 aa PF00400 WD40 273-306 aa PF00400 WD40 356-394 aa

XP_057768623.1

436 aa

218

436

NLE

WD40

PF08154 NLE 14-81 aa PF00400 WD40 111-138 aa PF00400 WD40 143-185 aa PF00400 WD40 201-237 aa PF00400 WD40 269-302 aa PF00400 WD40 352-390 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768622.1`	Pfam	`PF08154`	NLE	Domain	14	81	6e-21	75.4	NLE (NUC135) domain
`XP_057768622.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	147	189	2.1e-32	110.9	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768622.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	205	241	2.1e-32	110.9	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768622.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	273	306	2.1e-32	110.9	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768622.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	356	394	2.1e-32	110.9	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768623.1`	Pfam	`PF08154`	NLE	Domain	14	81	5.9e-21	75.4	NLE (NUC135) domain
`XP_057768623.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	111	138	1.5e-36	124.0	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768623.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	143	185	1.5e-36	124.0	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768623.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	201	237	1.5e-36	124.0	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768623.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	269	302	1.5e-36	124.0	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768623.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	352	390	1.5e-36	124.0	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912640.1
TAATTAAAAAATGAATTGGATGCTAAAATGGCTATTCAAAAACTATTCCATATGCTCACGCGTCGCAATTAAACCTGCAACTCAGATTATTACATTTAACCAAAAACAATCTAAAACCTTCTCTTAAACCCTAGCTGCGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCCCCCCACACACAACACCTGCACGCGAAGAGCGCAATGGATATTGACGGAGATGGACAAGGGGAAGCTAGGCAAGTTCAAGTGCGCTTCGTAACGAAG...

XM_057912639.1
CCATATGCTCACGCGTCGCAATTAAACCTGCAACTCAGATTATTACATTTAACCAAAAACAATCTAAAACCTTCTCTTAAACCCTAGCTGCGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCCCCCCACACACAACACCTGCACGCGAAGAGCGCAATGGATATTGACGGAGATGGACAAGGGGAAGCTAGGCAAGTTCAAGTGCGCTTCGTAACGAAGCTACAACAGCCGTACAAAGTGCAGCAAGCTTCTATCTCCATACCTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988712
ATGGATATTGACGGAGATGGACAAGGGGAAGCTAGGCAAGTTCAAGTGCGCTTCGTAACGAAGCTACAACAGCCGTACAAAGTGCAGCAAGCTTCTATCTCCATACCTGCCAATCTCACTCGCTTCGGCCTGTCTGCACTCGTCAACAATCTCCTCCTTACAGTGAATGCGGATTGGACAACGGAGCCCTTTGATTTTCTTATTGATGGAGAGCTGGTTCGTATGTCACTTGAAGAGTTCCTTCTTGCCAAAGGCATTTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057768622.1
MDIDGDGQGEARQVQVRFVTKLQQPYKVQQASISIPANLTRFGLSALVNNLLLTVNADWTTEPFDFLIDGELVRMSLEEFLLAKGISAEKVLEIEYIKAIAPRKQEEPSLHDDWVSAVDGSSDGYASKSHKILFCLLILRIWKAGGICTHVLDGHSGPLTSVCNLMPKVDSIADQVVATGSKDRTLRLWKFREEDLIDQPKKIRSVKILRGHTGAVQSIAAIPSGDMVCSGSWDCTINLWNTSATDTDDSVSVKKRKKGG...

XP_057768623.1
MDIDGDGQGEARQVQVRFVTKLQQPYKVQQASISIPANLTRFGLSALVNNLLLTVNADWTTEPFDFLIDGELVRMSLEEFLLAKGISAEKVLEIEYIKAIAPRKQEEPSLHDDWVSAVDGSSDGYILTGCYDGFGRIWKAGGICTHVLDGHSGPLTSVCNLMPKVDSIADQVVATGSKDRTLRLWKFREEDLIDQPKKIRSVKILRGHTGAVQSIAAIPSGDMVCSGSWDCTINLWNTSATDTDDSVSVKKRKKGGEDEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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