Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001197`

染色体: Chr06 坐标: 12255492-12262254 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001197`
名称	SmilChr06G001197
描述	glycine cleavage system H protein, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	12255492 - 12262254 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988714`
GeneID	`130988714`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988714`
原始查询	`LOC130988714`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glycine cleavage system H protein, mitochondrial-like
产物	glycine cleavage system H protein%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT1G32470` (AT1G32470) Single hybrid motif superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840141] identity=47.5; qcov=0.663; evalue=2.55e-14; confidence=low
Rice	`Os10g0516100` (OsGDCH) - identity=42.4; qcov=0.924; evalue=5.46e-15; confidence=low
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0005960 (glycine cleavage complex); GO:0009249 (protein lipoylation); GO:0019464 (glycine decarboxylation via glycine cleavage system)
KEGG	smil00260 (Glycine, serine and threonine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00630 (Glyoxylate and dicarboxylate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00670 (One carbon pool by folate - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00785 (Lipoic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01597 (GCV_H)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988714

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768626.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057768626.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768626.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:12257986`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	11	A14,B137,B139,B140,B15,B27,B32,B57,C4,C48,D7
`Chr6:12257993`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	23	A6,B11,B115,B123,B35,B41,B64,B73,B80,B89,B90,B92,B98,C21,C23,C24,C26,C3,C47,C51,C7,C71,C74
`Chr6:12262010`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A4,B127,B7,B87,C38,D9
`Chr6:12262048`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr6:12262050`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B34,C72,C85,D4
`Chr6:12262058`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	B104,B135,B14,B56,B96,C73,C75
`Chr6:12262066`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	65	A19,A20,A24,A3,A8,B10,B100,B102,B106,B109,B11,B114,B118,B125,B126,B127,B128,B130,B133,B134,B14,B16,B17,B18,B19,B2,B24,B38,B39,B40,B41,B44,B46,B48,B56,B61,B63,B72,B74,B77,B87,B96,B97,C11,C20,C22,C23,C24,C25,C28,C29,C32,C39,C41,C56,C61,C63,C65,C68,C69,C73,C76,C79,C8,D8
`Chr6:12262085`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B4,B68,B69,B91
`Chr6:12262089`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B137,B139,B32,C4,C48
`Chr6:12262089`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B137,B139,B32,C4,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768626.1

92 aa

GCV_H

PF01597 GCV_H 37-87 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768626.1`	Pfam	`PF01597`	GCV_H	Domain	37	87	1.4e-08	35.4	Glycine cleavage H-protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XR_009090182.1
AATCATGTGCAACTTGAATTAGTGGAATTCACTACATTCCAAACAACACATAAGATTTAATTTGTTATAGCTACCCGTGTAATCAATATTAAGATTTCTCTCTTTTTGCTGTATTTCTTTTCTAATCACAGTTTCAGGATCTTTTTAAGAGGATGGCAAGATTAGACATAAATTCAAGAAAGCTTTTATTTATGAGATTCTCCTGGTTTGGTGAGTATTTCTGAGATCAAATTCTTGGTTTTGGCCTAACTTGATTGCCA...

XR_009090183.1
AATCATGTGCAACTTGAATTAGTGGAATTCACTACATTCCAAACAACACATAAGATTTAATTTGTTATAGCTACCCGTGTAATCAATATTAAGATTTCTCTCTTTTTGCTGTATTTCTTTTCTAATCACAGTTTCAGGATCTTTTTAAGAGGATGGCAAGATTAGACATAAATTCAAGAAAGCTTTTATTTATGAGATTCTCCTGGTTTGTTTCCAATGGCATCAAGCAAGTGGAAAACCAACTGAGTAACTGGATGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988714
ATGTATAATCTTAAGTTTCAGGATCTTTTTAAGAGGATGGCAAGATTAGACATAAATTCAAGAAAGCTTTTATTTATGAGATTCTCCTGGTTTGTTTCCAATGGCATCAAGCAAGTGGAAAACCAACTGAGTAACTGGATGCCATGTGGTGTAAATTCGAGCCCTTACGAAGATGGATGGATCATAAAGGTAGAGCTGGAGAACTACAGTGACCTCCACTGTTTAATGGACCCTGCCCGCTACACCGAGTTCTGTGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768626.1
MYNLKFQDLFKRMARLDINSRKLLFMRFSWFVSNGIKQVENQLSNWMPCGVNSSPYEDGWIIKVELENYSDLHCLMDPARYTEFCEKEDASH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器