Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001213`

染色体: Chr06 坐标: 12428016-12431269 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001213`
名称	SmilChr06G001213
描述	EID1-like F-box protein 2
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	12428016 - 12431269 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988730`
GeneID	`130988730`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988730`
原始查询	`LOC130988730`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	EID1-like F-box protein 2
产物	EID1-like F-box protein 2
Arabidopsis	`AT5G39360` (EDL2) EID1-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833932] identity=79; qcov=1; evalue=7.96e-152; confidence=high
Rice	`Os07g0598200` (Os_F0793) - identity=71.7; qcov=1; evalue=2.19e-141; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF27778 (EID2_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988730

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768647.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057768647.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768647.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768647.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768647.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:12429077`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr6:12429400`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B83,C44,C59
`Chr6:12429400`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B83,C44,C59
`Chr6:12429485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768647.1

247 aa

124

247

EID2_C

PF27778 EID2_C 111-234 aa

XP_057768649.1

247 aa

124

247

EID2_C

PF27778 EID2_C 111-234 aa

XP_057768650.1

247 aa

124

247

EID2_C

PF27778 EID2_C 111-234 aa

XP_057768651.1

247 aa

124

247

EID2_C

PF27778 EID2_C 111-234 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768647.1`	Pfam	`PF27778`	EID2_C	Domain	111	234	3.6e-54	182.8	EID1-like F-box protein 2 C-terminal domain
`XP_057768649.1`	Pfam	`PF27778`	EID2_C	Domain	111	234	3.6e-54	182.8	EID1-like F-box protein 2 C-terminal domain
`XP_057768650.1`	Pfam	`PF27778`	EID2_C	Domain	111	234	3.6e-54	182.8	EID1-like F-box protein 2 C-terminal domain
`XP_057768651.1`	Pfam	`PF27778`	EID2_C	Domain	111	234	3.6e-54	182.8	EID1-like F-box protein 2 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912668.1
ATTTTTTCTATTTCTAGATACGAACTCCTATTCTCCTGAACCCTTTTATTACTCCATCAAAATCCCTCAACGCAAAATCTCCTACCTCAAAATTGATTTTTTCTTCTTTTGTATTTTATTTTCCTCCCTTTATGGGTCAAAACTATTTTCAAGAATCGGCAAGATTCAGCATTTTTGCCCGTTATCAGCTGAGCTCCGGGGAATATGCTAACAAGGGATTGCTTTTGAGGTTTGGAGAATGATTCTGACAAAACAATACC...

XM_057912667.1
ATTTTTTCTATTTCTAGATACGAACTCCTATTCTCCTGAACCCTTTTATTACTCCATCAAAATCCCTCAACGCAAAATCTCCTACCTCAAAATTGATTTTTTCTTCTTTTGTATTTTATTTTCCTCCCTTTATGGGTCAAAACTATTTTCAAGAATCGGCAAGATTCAGCATTTTTGCCCGTTATCAGCTGAGCTCCGGGGAATATGCTAACAAGGGATTGCTTTTGAGGTGAGGTTTGGAGAATGATTCTGACAAAACA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC130988730
ATGATTCTGACAAAACAATACCGCTGCATACATTCGCCAAGTTGTGCTTGTACAAAAGGGCACCTTACTGAAGAAATCATATTTTTAGTTTTTAACCACTTAAATTGGAACCCGAAATTGATTGCGGCACTTTCTTGTGCTTGCAAATGGTTTGATGATCTTGCCAAACGTGTTCTTTGGAAGGAATTCTGCAAGACTAGAGCTCCTAAGATGATGCTCGATATGCAGTCAAGTGGGAGTCACAGTGTAGATGGAAACTG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057768647.1
MILTKQYRCIHSPSCACTKGHLTEEIIFLVFNHLNWNPKLIAALSCACKWFDDLAKRVLWKEFCKTRAPKMMLDMQSSGSHSVDGNWRALGKLLIYCSGSRKDGLFSSSHIPGHFVYRTRFSRTSGKSFLLPQCRTDVLYVSDPCEHLDQGDDGDVGFFRGIFKSFATSKVRKLLIKRSAPLHPTEMCPYCKAKLWNMLAAKMIPSSASCRLGAYDDCIEYYVCLNGHVLGICTLLPLSDTDEASEE

XP_057768649.1
MILTKQYRCIHSPSCACTKGHLTEEIIFLVFNHLNWNPKLIAALSCACKWFDDLAKRVLWKEFCKTRAPKMMLDMQSSGSHSVDGNWRALGKLLIYCSGSRKDGLFSSSHIPGHFVYRTRFSRTSGKSFLLPQCRTDVLYVSDPCEHLDQGDDGDVGFFRGIFKSFATSKVRKLLIKRSAPLHPTEMCPYCKAKLWNMLAAKMIPSSASCRLGAYDDCIEYYVCLNGHVLGICTLLPLSDTDEASEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器