当前解析结果
SmilChr06G001217| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001217 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001217 |
| 描述 | probable calcium-binding protein CML46 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 12530135 - 12531118 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988735 |
|---|---|
| GeneID | 130988735 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988735 |
| 原始查询 | LOC130988735 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable calcium-binding protein CML46 |
| 产物 | probable calcium-binding protein CML46 |
| Arabidopsis | AT5G39670 (AT5G39670)Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833963] identity=37.4; qcov=1.06; evalue=3.78e-29; confidence=medium |
| Rice | Os03g0812400- identity=42.4; qcov=0.727; evalue=2.85e-17; confidence=low |
| GO | GO:0005509 (calcium ion binding) |
| KEGG | smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00036 (EF-hand_1); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988735 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057768658.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057768658.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768658.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768658.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768658.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:12530415 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B10,B24,C37,C8,D10 |
Chr6:12530520 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr6:12530559 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B34,C85,D11 |
Chr6:12530581 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,B96,D11 |
Chr6:12530667 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A14,C74,D1 |
Chr6:12530844 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 73 | A10,A18,A20,A22,A3,A6,A7,B1,B101,B102,B106,B108,B110,B112,B117,B118,B119,B12,B126,B13,B132,B134,B139,B140,B17,B25,B29,B3,B30,B36,B4,B53,B54,B69,B71,B74,B78,B8,B81,B84,B89,B9,B95,B99,C1,C10,C14,C18,C19,C25,C27,C30,C31,C38,C4,C41,C42,C44,C5,C52,C55,C57,C6,C61,C65,C73,C75,C79,C80,C83,C85,C87,D9 |
Chr6:12530856 |
TGC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 87 | A16,A18,A2,A21,A22,A24,A4,A7,B1,B10,B103,B111,B112,B118,B119,B128,B134,B135,B138,B16,B2,B23,B24,B27,B28,B3,B34,B37,B38,B39,B4,B40,B43,B47,B48,B52,B58,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B75,B76,B79,B82,B87,B98,C1,C13,C15,C18,C19,C22,C23,C27,C33,C34,C35,C37,C38,C48,C49,C5,C53,C54,C55,C59,C60,C63,C64,C66,C8,C80,C81,C83,C85,C86,D1,D10,D11,D2,D3,D5,D6,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768658.1PF00036
EF-hand_1 98-123 aa
PF13405
EF-hand_6 98-127 aa
PF13499
EF-hand_7 98-167 aa
PF13202
EF-hand_5 100-122 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768658.1 |
Pfam | PF00036 |
EF-hand_1 | Domain | 98 | 123 | 3.4e-11 | 42.6 | EF hand domain |
XP_057768658.1 |
Pfam | PF13405 |
EF-hand_6 | Domain | 98 | 127 | 8.5e-10 | 38.2 | EF-hand domain |
XP_057768658.1 |
Pfam | PF13499 |
EF-hand_7 | Domain | 98 | 167 | 2.5e-11 | 44.5 | EF-hand domain pair |
XP_057768658.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 100 | 122 | 6.5e-08 | 32.4 | EF hand |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。