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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001273`

染色体: Chr06 坐标: 13322471-13324540 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001273`
名称	SmilChr06G001273
描述	probable pectate lyase P59
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	13322471 - 13324540 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988776`
GeneID	`130988776`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988776`
原始查询	`LOC130988776`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable pectate lyase P59
产物	probable pectate lyase P59
Arabidopsis	`AT1G14420` (AT59) Pectate lyase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838004] identity=57.8; qcov=0.996; evalue=2.46e-180; confidence=high
Rice	`Os06g0144200` - identity=57.6; qcov=0.944; evalue=4.16e-164; confidence=high
GO	GO:0030570 (pectate lyase activity)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00544 (Pectate_lyase_4); PF04431 (Pec_lyase_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988776

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057768717.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768717.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768717.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768717.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768717.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:13322687`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B9,C38
`Chr6:13323103`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A10,A16,B51,C78
`Chr6:13323103`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A10,A16,B51,C78
`Chr6:13323144`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,D11
`Chr6:13323159`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	41	A10,A14,A15,A25,A9,B117,B123,B131,B15,B18,B19,B21,B33,B34,B47,B51,B53,B60,B64,B65,B66,B73,B75,B78,B80,C13,C21,C23,C27,C31,C35,C37,C4,C42,C52,C56,C61,C74,C78,C87,C9
`Chr6:13323187`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr6:13323230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr6:13323289`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr6:13323321`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	A13,B131,B16,B47,B51,B67,C35,C66
`Chr6:13323324`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	A13,B131,B16,B47,B51,B67,C35,C66
`Chr6:13323351`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B16,B47,B51,C66
`Chr6:13323431`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768717.1

445 aa

222

445

Pec_lyase_N

Pectate_lyase_4

PF04431 Pec_lyase_N 25-84 aa PF00544 Pectate_lyase_4 183-364 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768717.1`	Pfam	`PF04431`	Pec_lyase_N	Family	25	84	2.8e-16	60.2	Pectate lyase, N terminus
`XP_057768717.1`	Pfam	`PF00544`	Pectate_lyase_4	Repeat	183	364	6.1e-20	72.3	Pectate lyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912734.1
ACGGAGAAATTCGCTCCTAACTTTTTCTTCCTACGATCTCTCCATTTGAGGTTCTAACTAGAAACGGGTCGAAACCCTGAAGAGCTATAGGGTTCGACCGTTCAAATAATAAAAACAAAACGAAAAAGAAAAGTTAAAAAAGTTATATATATTGATAGATAGATAGATAGATATAGGCATATATACATCGATGCAAGGAATGAAGATGAAGTCATTGATGTTGTTGTTGGCTTTTGCCTGCATTTCGCGAGTTGTGGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988776
ATGCAAGGAATGAAGATGAAGTCATTGATGTTGTTGTTGGCTTTTGCCTGCATTTCGCGAGTTGTGGATGCTCATATAGGAGAATGGGACGAGGTATGGCTGAAACGAGCGCAGGAGGCCAGGAACCGTACTCTTGATACCTACGAGCCCATCCCTGAACATGTTGTCGCCCACTTGAACGTCAACGCAAAAAAGAGCTTAGACGAAATAAAAAATGAAAATGTGAAGTCAAATAGCACTCGGAGGCATCTACAGAAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768717.1
MQGMKMKSLMLLLAFACISRVVDAHIGEWDEVWLKRAQEARNRTLDTYEPIPEHVVAHLNVNAKKSLDEIKNENVKSNSTRRHLQKGYTGPCMATNPIDRCWRCQPNWAKNRFRLADCVLGFGYKTTGGKNGKIYVVTDPSDRELLNPRPGTLRHAVIQKEPLWIIFDRNMVITLQQELIMQGDKTIDGRGVRVDIAYGAGITIQFVSNVIIHGLRVHDIVPKEGGMIRDSVDHYGLRTGSDGDGISLFGAQNVWIDHVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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