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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001282`

染色体: Chr06 坐标: 13405108-13416248 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001282`
名称	SmilChr06G001282
描述	polypyrimidine tract-binding protein homolog 3
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	13405108 - 13416248 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988778`
GeneID	`130988778`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988778`
原始查询	`LOC130988778`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polypyrimidine tract-binding protein homolog 3
产物	polypyrimidine tract-binding protein homolog 3
Arabidopsis	`AT1G43190` (PTB3) polypyrimidine tract-binding protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840918] identity=84.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0437300` (RBP-61) - identity=71.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0043484 (regulation of RNA splicing)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF11835 (RRM_8); PF13893 (RRM_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988778

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057768719.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057768719.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.80000	`XP_057768719.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.80000	`XP_057768719.1`
5	Stress granule	Stress granule	0.40000	`XP_057768719.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:13406871`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	166	A10,A11,A16,A18,A2,A20,A25,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B104,B105,B107,B108,B109,B111,B112,B113,B117,B118,B12,B122,B125,B126,B127,B128,B13,B132,B134,B135,B138,B140,B15,B16,B19,B2,B20,B22,B23,B27,B28,B29,B30,B31,B34,B36,B38,B4,B40,B41,B42,B45,B47,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B64,B67,B7,B71,B72,B73,B74,B76,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C2,C20,C21,C23,C24,C25,C26,C27,C29,C31,C32,C38,C39,C4,C40,C43,C44,C45,C46,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C56,C57,C58,C59,C60,C62,C63,C65,C66,C67,C68,C7,C70,C71,C72,C74,C77,C78,C79,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,D10,D11,D4,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr6:13407674`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,C82,C85
`Chr6:13407889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr6:13414422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr6:13415003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B21,B83,C44,C59
`Chr6:13415129`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768719.1

437 aa

218

437

RRM_5

RRM_1

RRM_8

RRM_5

RRM_1

RRM_5

RRM_1

PF13893 RRM_5 6-85 aa PF00076 RRM_1 9-59 aa PF11835 RRM_8 92-175 aa PF13893 RRM_5 93-180 aa PF00076 RRM_1 111-165 aa PF13893 RRM_5 235-335 aa PF00076 RRM_1 252-317 aa PF00076 RRM_1 364-428 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768719.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	6	85	1.9e-43	147.8	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057768719.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	9	59	6.6e-34	116.3	RNA recognition motif
`XP_057768719.1`	Pfam	`PF11835`	RRM_8	Domain	92	175	1.1e-22	80.7	RRM-like domain
`XP_057768719.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	93	180	1.9e-43	147.8	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057768719.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	111	165	6.6e-34	116.3	RNA recognition motif
`XP_057768719.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	235	335	1.9e-43	147.8	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057768719.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	252	317	6.6e-34	116.3	RNA recognition motif
`XP_057768719.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	364	428	6.6e-34	116.3	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912736.1
TAAGAAAGCTATCCTCTGATGCTGGAGGTGCATTTTATCAGCTTTAGACAACTGGTATCTTGTGGTGTCAATGCTGCAGAAATCATGTTTGCCTCACTAATCACTATAACAATCATCATGAAAAGGCTATGCTTTTTAAAAATTAATCTACAACGTCAATATTACACTATTCAGGAAATTAAATTAAAAAGGTGAATCAATCAAAATTAATCTAACTATGTTATCCATTCTCCTACTGTACACAATACACCATCATACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988778
ATGGCAGAGCCCTCAAAAGTCATTCATGTTCGTAATGTGGGTCATGAAATTTCTGAGAATGACTTGCTGCAGCTGTTCCAGCCATTTGGAGTCATCACCAAACTTGTGATGCTTCGAGCCAAGAATCAGGCCCTCCTCCAAATGCAAGATGTTCCTTCAGCAGTAAATGCATTGCAGTTTTACAGTAATGTCCAACCGAGCATAAGGGGAAGAAATGTTTATGTCCAATTCTCGTCACACCAGGAGCTAACAATTATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768719.1
MAEPSKVIHVRNVGHEISENDLLQLFQPFGVITKLVMLRAKNQALLQMQDVPSAVNALQFYSNVQPSIRGRNVYVQFSSHQELTIMDQNSQARGDEPNRILLVTIHHMLYPITVEVLHQVFSPHGFVEKIVTFQKSAGFQALIQYQSHQSAISARNSLQGRNIYDGCCQLDIQFSNLDELQVNYNNERSRDFTNPSLPSEQKGKSSQPGYGDASMYPHAVGFTQLGNAAAIAAAFGGGLPPGISGTNDRCTVLVSNLNPD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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