Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001310`

染色体: Chr06 坐标: 13590100-13593157 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001310`
名称	SmilChr06G001310
描述	lipid phosphate phosphatase delta
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	13590100 - 13593157 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988781`
GeneID	`130988781`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988781`
原始查询	`LOC130988781`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lipid phosphate phosphatase delta
产物	lipid phosphate phosphatase delta
Arabidopsis	`AT3G58490` (SPP1) Phosphatidic acid phosphatase (PAP2) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825018] identity=67.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0805400` - identity=64.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0042392 (sphingosine-1-phosphate phosphatase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01569 (PAP2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988781

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057768722.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057768722.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768722.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768722.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768722.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:13590659`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr6:13590678`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr6:13592429`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,B17
`Chr6:13592454`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B17,C23
`Chr6:13592898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768722.1

404 aa

202

404

PAP2

PF01569 PAP2 97-221 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768722.1`	Pfam	`PF01569`	PAP2	Family	97	221	2e-18	67.1	PAP2 superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912739.1
CGGGTCACTTATAGCCATTATTGAGAGGAGAAAATATAAATAAAAAATTATAAAACGAATGGGAATTATGGTCCAAGTCACCGCATAGAATCTCGAATGCTGACAATTTCCAGGCCACTTTGAAATTTCTTCAGGATTCTTGATTCCTTCGCGTGATTGTTCAATAATCAACCTCTCTCTCTCTCTCTCTATTGAGCTAGTGTATTGGGGAGAGAGATGGAAAGCATGACAACATGGTGGCAAGTAATTTCGTTATGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988781
ATGGAAAGCATGACAACATGGTGGCAAGTAATTTCGTTATGTGGGATAGCACTTTGGGTCGTGATTTCTTCAAAGTTGAAGGTGACTCAAAACATCAGATCTTGTACACAGCCATGGGTCTGTCAACGTGTGATTTCTGGAACTCCCATTATCATCAAGATTCAGAAATACCAGCACAGATATTTGGATGCATTTTTTTCTGGGTTATCTTGTGTTGTTTCTGTGCCTTTTTATACTGCCTTTCTTCCCCTGCTTTTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768722.1
MESMTTWWQVISLCGIALWVVISSKLKVTQNIRSCTQPWVCQRVISGTPIIIKIQKYQHRYLDAFFSGLSCVVSVPFYTAFLPLLFWTGHCKLARQMTLLIAFCDYTGNCIKDVVSAPRPRSPPVRRVTATKDEEDNAMEYGLPSSHTLNTVCLSGYLLHYILDYTESNDLSIRVAGFILACLVVGLIGFGRIYLGMHSLIDIIGGLALGLGILAIWLAVSEYIDNFVVSGQNVVSFWAALCFLLLFAYPTPEVPTPSFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器