Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002982`

染色体: Chr01 坐标: 48748194-48757663 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002982`
名称	SmilChr01G002982
描述	uncharacterized SmilChr01G002982
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	48748194 - 48757663 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988794`
GeneID	`130988794`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988794`
原始查询	`LOC130988794`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826971]; symbol=AT4G13400; hit=AT4G13400; species=arabidopsis; confidence=high
产物	2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826971]; symbol=AT4G13400; hit=AT4G13400; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G13400` (AT4G13400) 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826971] identity=70.9; qcov=0.984; evalue=7.89e-166; confidence=high
Rice	`Os05g0556000` - identity=65.4; qcov=0.984; evalue=2.5e-151; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988794

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057768758.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057768758.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.60000	`XP_057768742.1`
4	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057768758.1`
5	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057768742.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:48748408`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr1:48748437`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B100,B127,D6
`Chr1:48748458`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr1:48748518`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:48751855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C83,D6
`Chr1:48751869`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,C56,C81
`Chr1:48755905`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:48755918`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912759.1
AGTTTCAATAAAACGCAACGCTAATACTCCCAACAGATATGCTCGGCGCCCTAACAAATGAATCGTTAGTTAAACGGAACGGCGGAAAACGACGGCCATATTTTAAAAAGATTCGTGGAATTGCACGGCGCCTATATCACGCAACTGCAACTACAACTACAACATGACTTCTCTACATCACTCCGCCTTTCTCCGCCGCCGCTACGCTAACCCCGCCCCTCTGCCCCCGCCGCCGCCGCACACGGTTGTTCTCGCTGAAT...

XM_057912768.1
AGTTTCAATAAAACGCAACGCTAATACTCCCAACAGATATGCTCGGCGCCCTAACAAATGAATCGTTAGTTAAACGGAACGGCGGAAAACGACGGCCATATTTTAAAAAGATTCGTGGAATTGCACGGCGCCTATATCACGCAACTGCAACTACAACTACAACATGACTTCTCTACATCACTCCGCCTTTCTCCGCCGCCGCTACGCTAACCCCGCCCCTCTGCCCCCGCCGCCGCCGCACACGGTTGTTCTCGCTGAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130988794
ATGACTTCTCTACATCACTCCGCCTTTCTCCGCCGCCGCTACGCTAACCCCGCCCCTCTGCCCCCGCCGCCGCCGCACACGGTTGTTCTCGCTGAATTGTCGCTTCGACCGCCTCAAGCGCGGTGCTCTGCTATTCGATCAGCTGCTGAAATGTCCTCGCAGACTCCTGCTCCTACGCTTTCGACAGTTACTATTTCCTACGATGAATTGAAGGATACAAGTGCTGATTTATCGGAGAAAATAGAGCTCGGATTTGGCCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057768742.1
MTSLHHSAFLRRRYANPAPLPPPPPHTVVLAELSLRPPQARCSAIRSAAEMSSQTPAPTLSTVTISYDELKDTSADLSEKIELGFGPNGLGIMSISDVPGYQLLRQNLLCLAPRLASLPEDVKRKLEDPSSRYNFGWSHGKEKLESGKPADMLKGSFYANPILDVPTDDQSLVKRYPSYCGQNIWPHDVLPELELAFKALGKLILDVGLLLAHHCDRYTSNGLKMHENGSLQQILLRSRCHKGRLLYYFPSHQCTSVVDG...

XP_057768751.1
MTSLHHSAFLRRRYANPAPLPPPPPHTVVLAELSLRPPQARCSAIRSAAEMSSQTPAPTLSTVTISYDELKDTSADLSEKIELGFGPNGLGIMSISDVPGYQLLRQNLLCLAPRLASLPEDVKRKLEDPSSRYNFGWSHGKEKLESGKPDMLKGSFYANPILDVPTDDQSLVKRYPSYCGQNIWPHDVLPELELAFKALGKLILDVGLLLAHHCDRYTSNGLKMHENGSLQQILLRSRCHKGRLLYYFPSHQCTSVVDGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器