当前解析结果
SmilChr06G001338| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001338 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001338 |
| 描述 | putative germin-like protein 2-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 13921819 - 13923194 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988802 |
|---|---|
| GeneID | 130988802 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988802 |
| 原始查询 | LOC130988802 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative germin-like protein 2-1 |
| 产物 | putative germin-like protein 2-1 |
| Arabidopsis | AT5G39160 (AT5G39160)RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833910] identity=57.7; qcov=0.963; evalue=8.9e-79; confidence=high |
| Rice | Os02g0491600 (OsGLP2-1)- identity=60.2; qcov=0.977; evalue=1.18e-88; confidence=high |
| GO | GO:0005618 (cell wall); GO:0030145 (manganese ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00190 (Cupin_1); PF07883 (Cupin_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988802 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057768748.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057768748.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768748.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768748.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768748.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:13922535 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,D2 |
Chr6:13922917 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B25 |
Chr6:13922917 |
AGT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr6:13922962 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768748.1PF00190
Cupin_1 61-208 aa
PF07883
Cupin_2 97-166 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768748.1 |
Pfam | PF00190 |
Cupin_1 | Domain | 61 | 208 | 9.3e-47 | 159.1 | Cupin |
XP_057768748.1 |
Pfam | PF07883 |
Cupin_2 | Domain | 97 | 166 | 5.3e-11 | 42.8 | Cupin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。