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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002987

染色体: Chr01 坐标: 48795023-48814661 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002987
名称SmilChr01G002987
描述dnaJ homolog subfamily C GRV2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向48795023 - 48814661 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988839
GeneID130988839
locus_tag-
NCBI NameLOC130988839
原始查询LOC130988839

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dnaJ homolog subfamily C GRV2
产物dnaJ homolog subfamily C GRV2
ArabidopsisAT2G26890 (GRV2)
DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817230]
identity=72.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0575200 (OsDjC74)
-
identity=75.8; qcov=0.572; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0006898 (receptor-mediated endocytosis); GO:0007032 (endosome organization); GO:0010008 (endosome membrane); GO:2000641 (regulation of early endosome to late endosome transport)
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ); PF14237 (GYF_2); PF19432 (RME-8_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988839

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057768776.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057768776.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057768784.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057768784.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768776.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:48795563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,D7
Chr1:48795939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B46,B90,B92
Chr1:48798143 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B57
Chr1:48798569 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,A9,B70,C16,C18
Chr1:48798571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr1:48800759 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:48800932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:48801741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:48801834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr1:48801863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B12
Chr1:48802047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr1:48802148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768776.1
2550 aa
N
1
1275
2550
RME-8_N
GYF_2
DnaJ
C
PF19432 RME-8_N 35-127 aa PF14237 GYF_2 1176-1224 aa PF00226 DnaJ 1540-1580 aa
XP_057768784.1
2158 aa
N
1
1079
2158
RME-8_N
GYF_2
DnaJ
C
PF19432 RME-8_N 35-127 aa PF14237 GYF_2 1176-1224 aa PF00226 DnaJ 1540-1580 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768776.1 Pfam PF19432 RME-8_N Domain 35 127 1.9e-22 80.3 DNAJ protein RME-8 N-terminal domain
XP_057768776.1 Pfam PF14237 GYF_2 Domain 1176 1224 6.9e-14 52.1 GYF domain 2
XP_057768776.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 1540 1580 2e-11 44.5 DnaJ domain
XP_057768784.1 Pfam PF19432 RME-8_N Domain 35 127 1.5e-22 80.6 DNAJ protein RME-8 N-terminal domain
XP_057768784.1 Pfam PF14237 GYF_2 Domain 1176 1224 8e-14 51.9 GYF domain 2
XP_057768784.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 1540 1580 1.7e-11 44.8 DnaJ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912801.1
TAACGGTAATCAAAGAGAAAAGCAAACAAAAAATAAATCGGAAAAAACAAAAAAGGGGGTGGGGCGTAGTAGCGTCTAGCATTCGACTGTGGAACCCCATTCTTTCAATCATTTCATTTCCAAATAAATTTGTTCGATCTTCAGGAGATAAAATCTATTCTAGTTACTTGATTAATAAATTGATGCTGACTCGCAATTTCCTCTAATCTGTCCCAATTTCTAAAACGGTTATGCGTCGATTTTATTAATTTTTTATGTTA...
XM_057912793.1
AATCAAAGAGAAAAGCAAACAAAAAATAAATCGGAAAAAACAAAAAAGGGGGTGGGGCGTAGTAGCGTCTAGCATTCGACTGTGGAACCCCATTCTTTCAATCATTTCATTTCCAAATAAATTTGTTCGATCTTCAGGAGATAAAATCTATTCTAGTTACTTGATTAATAAATTGATGCTGACTCGCAATTTCCTCTAATCTGTCCCAATTTCTAAAACGGTTATGCGTCGATTTTATTAATTTTTTATGTTAAGCGATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988839
ATGGATTTCGTCAGCCGCCACGCCGGCGCCCCCTCCGACCACCAGCCGCCTACTCCCTCCGCCTCCTCTGCCGCCCCGCCTGAAGAGCCCGAGTATCTGGGCAGGTACACGGTCGTTAAGCACTCATGGCGCGGCCGTTACAAGAGAATTCTGTGCATTTCCAATCACTCAATTATCACTTTGGATCCAGGCACGCTGTCCGTGACTAATTCGTATGATGTCGGTAGTGATTTTGAAGGAGCTAACCCGATCATCGGGAG...
LOC130988839
ATGGATTTCGTCAGCCGCCACGCCGGCGCCCCCTCCGACCACCAGCCGCCTACTCCCTCCGCCTCCTCTGCCGCCCCGCCTGAAGAGCCCGAGTATCTGGGCAGGTACACGGTCGTTAAGCACTCATGGCGCGGCCGTTACAAGAGAATTCTGTGCATTTCCAATCACTCAATTATCACTTTGGATCCAGGCACGCTGTCCGTGACTAATTCGTATGATGTCGGTAGTGATTTTGAAGGAGCTAACCCGATCATCGGGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768776.1
MDFVSRHAGAPSDHQPPTPSASSAAPPEEPEYLGRYTVVKHSWRGRYKRILCISNHSIITLDPGTLSVTNSYDVGSDFEGANPIIGRDESSSEFNISVRTDGRGKFKAMKFSSKYRASILTELQRIRGNRVAAVGEFPVLHLRRRTSEWIPLKMKVTYVGVEVIDLKSGDLRWCLDFRDMDSPAIILLSEAYGRKNGDSGGFVLCSLYGRKSKAFQASSGTSNAAIISSLTKTANSMVGVSLVVDSSQSLTITEYVKLRD...
XP_057768784.1
MDFVSRHAGAPSDHQPPTPSASSAAPPEEPEYLGRYTVVKHSWRGRYKRILCISNHSIITLDPGTLSVTNSYDVGSDFEGANPIIGRDESSSEFNISVRTDGRGKFKAMKFSSKYRASILTELQRIRGNRVAAVGEFPVLHLRRRTSEWIPLKMKVTYVGVEVIDLKSGDLRWCLDFRDMDSPAIILLSEAYGRKNGDSGGFVLCSLYGRKSKAFQASSGTSNAAIISSLTKTANSMVGVSLVVDSSQSLTITEYVKLRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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