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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001362

染色体: Chr06 坐标: 14189003-14189821 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001362
名称SmilChr06G001362
描述uncharacterized SmilChr06G001362
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向14189003 - 14189821 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988855
GeneID130988855
locus_tag-
NCBI NameLOC130988855
原始查询LOC130988855

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cotton fiber protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824964]; symbol=AT3G57950; hit=AT3G57950; species=arabidopsis; confidence=medium
产物cotton fiber protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824964]; symbol=AT3G57950; hit=AT3G57950; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G57950 (AT3G57950)
cotton fiber protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824964]
identity=44.1; qcov=0.942; evalue=5.18e-32; confidence=medium
RiceOs09g0279200
-
identity=40.4; qcov=0.521; evalue=2.47e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF05553 (DUF761)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988855

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057768793.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057768793.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057768793.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768793.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768793.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:14189487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr6:14189598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B40,C8
Chr6:14189603 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B53,B64,C6,D5
Chr6:14189637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B90,B92,B98,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768793.1
190 aa
N
1
95
190
DUF761
C
PF05553 DUF761 154-188 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768793.1 Pfam PF05553 DUF761 Family 154 188 6.6e-15 55.1 Cotton fibre expressed protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912810.1
TCCCTTTATAAAATCCACCATATCAAAACGCACAAGAAGAAAAACAATAACAAAAAATGGGTGGCCTCTCCTCCATCAAAACATCAAACCCCCTTCACATTTTCTCCATGAAACCACCATCATCACCAATATCGAAGCTCAAAACCCTCTTCCAAACCTTAATCTTCTCTCACATGTACCGTGCCGCACGTGCCCTTGCGAAGGCGAAGTCGCTCCTCCTCGAGCACGTGCGGGACATGCAGTTCCTACACTTGGCGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988855
ATGGGTGGCCTCTCCTCCATCAAAACATCAAACCCCCTTCACATTTTCTCCATGAAACCACCATCATCACCAATATCGAAGCTCAAAACCCTCTTCCAAACCTTAATCTTCTCTCACATGTACCGTGCCGCACGTGCCCTTGCGAAGGCGAAGTCGCTCCTCCTCGAGCACGTGCGGGACATGCAGTTCCTACACTTGGCGGAGTTCAAGAGGAACAGGAACTGCAAGAGAAAGCTCTATTTCGGCTCCTTTAGGCTACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768793.1
MGGLSSIKTSNPLHIFSMKPPSSPISKLKTLFQTLIFSHMYRAARALAKAKSLLLEHVRDMQFLHLAEFKRNRNCKRKLYFGSFRLHYNWCASHVMPLAQESYYDASWNVVVPTGTTTKSVIPDGTTSYREPEGLSRYLEWLEEEKGNQESISNEIDKLADLFIADCHEKFRLEKQESYRRFQEMMARAV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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