Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001394`

染色体: Chr06 坐标: 14583981-14587757 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001394`
名称	SmilChr06G001394
描述	uncharacterized SmilChr06G001394
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	14583981 - 14587757 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988885`
GeneID	`130988885`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988885`
原始查询	`LOC130988885`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-binding bromodomain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824967]; symbol=AT3G57980; hit=AT3G57980; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	DNA-binding bromodomain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824967]; symbol=AT3G57980; hit=AT3G57980; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT3G57980` (AT3G57980) DNA-binding bromodomain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824967] identity=38.9; qcov=1.03; evalue=2.75e-101; confidence=medium
Rice	`Os08g0510700` (OSJNBa0016N23.124-2) - identity=41.2; qcov=0.232; evalue=3.41e-24; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00439 (Bromodomain)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988885

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768835.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768835.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768835.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768835.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057768835.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:14584468`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,C74
`Chr6:14584673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B14,B53,B64,C6,D5
`Chr6:14584724`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B122,B140
`Chr6:14586693`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,C13,C32,C68
`Chr6:14586866`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B125,B133
`Chr6:14586875`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B125,B133
`Chr6:14586901`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr6:14587333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:14587360`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:14587373`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr6:14587506`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768835.1

711 aa

356

711

Bromodomain

PF00439 Bromodomain 341-416 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768835.1`	Pfam	`PF00439`	Bromodomain	Domain	341	416	1.9e-08	34.9	Bromodomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912852.1
TAATTATTTTAGTATTATTTTAAAAAAAATAATAGGGTACAATGATAAATTGGGGCTGTGTTTAAAATTATCCATGCACAAAACTGAAGATGGAAAGGCCCAATCAGAAAACCCTAAAGGTAGCTAATTATTAACAAAAACCAAATCCAGTCGGAAAAGATTAAATGGAAAAAGAAAAAAGAAAGAAAGAAGGCGCATTGAGCCGAAAGAAGCAACGGCGCTATAGCGATGAGCCGACATTATAAAACCCAAGAAAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988885
ATGACCAAACCGGACGGCCTCGCGCCGGAGACCAACGACGACTTTTCCCCCACCGCCTGGGGAACTTGGGAGGAGCTCCTCCTCGCCTTCGCCGTCAACCGCCACGGAACCGCCGCCTGGGATTCCATAGCTTCGGAACTTCAGAAGAGGACATCGGACCCTAACCTCTGCCTCACCGCGCATAACTGCAGGTCCAAGTATCTCGACCTCAAGCGCCGCTTCGTCGTCAGGAATGGCGATTTGGAAGGGGAGGACGGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768835.1
MTKPDGLAPETNDDFSPTAWGTWEELLLAFAVNRHGTAAWDSIASELQKRTSDPNLCLTAHNCRSKYLDLKRRFVVRNGDLEGEDGRDEKSNVEESAPLLEELRKLRVAELRREVQRYDLNIESLELKMKRMEEEREKSQRREESGADLENNVEEKRDCEPEAAPAAVGEAAVVGELEKDQLSVNESNSTDPGAEKLRASEAGSEPAGAGGEEVRNDRTGHTSDGPAELKPEPDHKSVREDSCNGSSNSIEKPDPKAKAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器