Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001399`

染色体: Chr06 坐标: 14628591-14630720 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001399`
名称	SmilChr06G001399
描述	myb family transcription factor RLI1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	14628591 - 14630720 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988891`
GeneID	`130988891`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988891`
原始查询	`LOC130988891`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	myb family transcription factor RLI1-like
产物	myb family transcription factor RLI1-like
Arabidopsis	`AT5G06800` (AT5G06800) myb-like HTH transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830570] identity=60.2; qcov=0.532; evalue=2.25e-65; confidence=medium
Rice	`Os04g0665600` (RLI1) - identity=60.3; qcov=0.471; evalue=1.23e-59; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding); PF14379 (Myb_CC_LHEQLE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988891

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768840.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768840.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768840.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768840.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057768840.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:14629113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr6:14629136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B39,B66,B76
`Chr6:14629435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B14,B53,B64,C6,D5
`Chr6:14629441`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr6:14630286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768840.1

331 aa

166

331

Myb_DNA-binding

Myb_CC_LHEQLE

PF00249 Myb_DNA-binding 169-218 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 250-297 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768840.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	169	218	2e-07	31.7	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057768840.1`	Pfam	`PF14379`	Myb_CC_LHEQLE	Family	250	297	9.7e-19	67.6	MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912857.1
AAGTGGACGAGGAATGCAAGCATGTCTTGATAGAAAGGGACGAATAGGGCATTAGATTATTTGTGTTATACACTTTCTTTGTCTTTGTTATTGTCAAAAGCTCATTGTTCCAATCCTATCCAATTATAAGGAATTATAAAACCCTCAAAATTCAGCTGTTGAAACATTCACATCGGCTGCATTACAATACTAACAAACACTACATTTCAAACAAGCAAAAAGAGGTCACAACAGCAAAAGATTCCAAACAACAGAAAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988891
ATGGAGAGATTGAATCATAGTTATGGATTTGCAACCACTTTTGCTTCTGAGCTGCCCGAGTTTCCTCAAAACTCGGGCGCCCAGCAACAGCCTGATCCGTGGCCTGCTGACGCCATAGTCAGTAGGATAGGATCAACGGCTGCTGCTTTCTACGCGACTGAGGCCCACATGGGCTTATCGCGGTACGATCTTCAAGAAAACGCTGCCACATTCAACTCATGTGATCAATTTGGAAGGAGCATCTTTGTAGATCCATCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768840.1
MERLNHSYGFATTFASELPEFPQNSGAQQQPDPWPADAIVSRIGSTAAAFYATEAHMGLSRYDLQENAATFNSCDQFGRSIFVDPSPPKNLIFRPNHLSDQNEHLLILQEKLLGDIDDASMISPSPPFNPIHDLRGSQNVGASHFGNMNPFGQQAASGNVVTSSKTRIRWSQDLHDRFVDCVNRLGGSDKARPKAILQLMDTEGLTIFHVKSHLQKYRNVKYAPESMEGRSDKRSNIGSNVAQIDIETGMQIKEALQLQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器